问题

我在用rMATS turbo做可变剪切分析。然而运行程序发现输出结果文件里只有表头：

解决方法1

这个问题在软件github有几个issues提到过类似问题，如 most output files with only a header
说可能是由参数--readLength设置得和实际的read长度不符导致的。加个参数--variable-read-length即可。

其他情况

要是上面那个方法没解决问题就麻烦了，我是被这折腾了很久了。。又不报错，但就是没结果。

我是在CentOS7服务器上安装的，从github里下载rMATS turbo v4.1.0源码，进入软件目录通过命令build：

./build_rmats --conda

激活rMATS创建的环境使用，
我使用从ENCODE上下的BAM文件（单端测序数据比对的BAM文件），按照软件文档给例子进行参数输入运行后，没结果。

试了几个数据，都不行。

然后我试着自己从fastq文件使用bowtie2比对得到BAM文件，然而还是不行。

无语的是，我用实验室自己比对的BAM文件（双端测序数据）来测试，tmd居然出结果了！（rMATS支持单双端数据的）

最后，我试着直接将fastq文件作为输入，运行rMATS程序，这次成功得出结果！！！

因为rMATS内置比对的程序时STAR，我之前自己比对用的bowtie2。接下来，我用另外下的fq文件，各自用bowtie2和STAR进行比对，得到bam文件，作为rMATS的输入。
结果Bowtie2的bam文件无结果，STAR有结果。此外实验室的BAM文件，好像是用hisat2比对得到的。。

结论

最后我得出一个不怎么严谨的结论，rMATS的BAM输入，需要STAR运行得到的BAM文件。

Bowtie2，STAR只测试了一次。hisat2没测试过。测序数据只使用了单端测序数据。
结论多有不准。因为这莫名问题耗了不少时间了。。。有时间再慢慢研究了。
希望对有此问题的伙伴有所帮助。也欢迎大家评论告知真正原因！

其他

对于使用fastq文件作为rMATS输入的话，只能以fastq文本格式作为输入，不能以压缩格式。默认STAR工作线程数时4，而rMATS并未提供参数设置。
所以需要支持fastq.gz压缩文件和设置更多的线程数的话，需要编辑rmats.py文件的62行（可能有变动，以实际情况为准），添加修改STAR参数：

不过我更推荐将STAR比对的部分单独提出来写个脚本运行。