软件trinity使用流程

1. 数据下载

从NCBI的SRA下载原始下机数据，选择双端测序的Pair-end,但是一般只有一个文件，需要进行格式转换与解压：
2. 安装软件
本次全部使用conda进行，在conda中安装trinity和其他附带软件：

	conda install -c bioconda blast
	conda install -c bioconda trinity

还需要安装sratoolkit，但是conda中没有找到这个软件，所以直接wget了，如果此链接失效可以寻找其他链接：

wget  https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.9.2/sratoolkit.2.9.2-centos_linux64.tar.gz

可能还需要安装bowtie2，但是conda安装失败，不兼容目前python，建议wget
3. 数据转换/解压
tar -zxvf Trinity-v2.4.0.tar.gz
unzip download.1
fastq-dump -gzip -split-3-A ERR2040864.1
[fastq-dump依赖包sratoolkit；-split-3-A 能够将ERR2040864.1分为3个文件，双端2个，剩下的1个存放不能归于双端的reads]
4. 运行trinity
直接运行以下命令会出错：

nohup /home/chenss/anaconda3/envs/transcript/bin/Trinity --seqType fq --max_memory 1G --left ERR2040864.1_1.fastq --right ERR2040864.1_2.fastq --CPU 6 &

原因是trinity不兼容目前的java版本，确切来说是第三步butterfly不兼容，因为这部分程序是用java编写的。
解决办法1：

nohup /home/chenss/anaconda3/envs/transcript/bin/Trinity --seqType fq --JM 5G --left ERR2040864.1_1.fastq --right ERR2040864.1_2.fastq --CPU 6 --no_run_butterfly --no_run_quantifygraph &

添加–no_run_butterfly --no_run_quantifygraph ；可以运行前两步，网上说是分开运行，的确可以成功，但解决不了全部问题。
解决办法2：
修改trinity配置文件，使它能够兼容jdk1.7:
配置文件位置：/home/chenss/anaconda3/envs/transcript/bin/Trinity ；使用vi /java查找并修改成1.7；
再运行

nohup /home/chenss/anaconda3/envs/transcript/bin/Trinity --seqType fq --max_memory 1G --left ERR2040864.1_1.fastq --right ERR2040864.1_2.fastq --CPU 6 &

即可。
PS：/home/chenss/anaconda3/envs/transcript/bin/Trinity 是指conda中trinity存放位置。
	修改配置文件之前--JM 5G没报错，修改后报错了，只能删除，又加入--max_memory 1G才能运行成功。

更新于：2020年11月24日09点31分