通过search，发现在project的.setting folder下面，有个名为org.eclipse.wst.common.project.facet.core.xml的文件，里面配置有各种版本信息。此时，按照本机配置修改这个文件，问题就解决了。

<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<faceted-project>
<runtime name="Apache Tomcat v5.5"/>
<fixed facet="jst.web"/>
<fixed facet="jst.java"/>
<installed facet="jst.java" version="5.0"/>
<installed facet="jst.web" version="2.4"/>
<installed facet="wst.jsdt.web" version="1.0"/>
</faceted-project>

像我这样的错误，可以下载Tomcat 7。0解决，不过我闲麻烦，干脆就在配置文件中把<installed facet="jst.web" version="3.0"/> 改成低些的版本version="2.5" 就好了