project的.setting folder下面，有个名为org.eclipse.wst.common.project.facet.core.xml的文件，里面配置有各种版本信息。此时，按照本机配置修改这个文件，问题就解决了。

原始的

<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<faceted-project>
  <installed facet="java" version="1.6"/>
  <installed facet="jst.web" version="3.0"/>
  <installed facet="wst.jsdt.web" version="1.0"/>
</faceted-project>

修改后的

<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<faceted-project>
  <fixed facet="jst.web"/>
  <fixed facet="wst.jsdt.web"/>
  <fixed facet="java"/>
  <installed facet="java" version="1.6"/>
  <installed facet="jst.web" version="2.5"/>
  <installed facet="wst.jsdt.web" version="1.0"/>
</faceted-project>

Tomcat version 6.0 only supports J2EE 1.2, 1.3, 1.4, and Java EE 5 Web modules