一、一些基础概念及方法

[1] Cavender-Bares J, Kozak KH, Fine PV, Kembel SW. The merging of community ecology and phylogenetic biology. Ecol Lett. 2009;12(7):693-715. doi:10.1111/j.1461-0248.2009.01314.x

谱系相关的经典综述，被引 1142

[2] Wilcox TM, Schwartz MK, Lowe WH. Evolutionary Community Ecology: Time to Think Outside the (Taxonomic) Box. Trends Ecol Evol. 2018;33(4):240-250. doi:10.1016/j.tree.2018.01.014

竞争与进化。达尔文的相似性竞争假说有两个比较大的问题，一是物种共存不仅取决于生态位相似性也取决于竞争能力相似性，二是谱系关系不能很好预测一些性状（性状进化速率非恒定，且存在趋同进化）。

[3] Violle C, Enquist BJ, McGill BJ, et al. The return of the variance: intraspecific variability in community ecology. Trends Ecol Evol. 2012;27(4):244-252. doi:10.1016/j.tree.2011.11.014

种内变异。模仿群体遗传学里的F统计，提出了基于性状的T检验（T指Trait）。未来方向（目前的困难）：（1）多尺度的采样策略；（2）考虑时间变异；（3）基于genetics的方法和基于traits的方法的统一。

[4] Damgaard C. A Critique of the Space-for-Time Substitution Practice in Community Ecology. Trends Ecol Evol. 2019;34(5):416-421. doi:10.1016/j.tree.2019.01.013

空间代替时间方法的局限性，尤其是在非稳定的环境中（比如黄河三角洲）。空间变异，只能分析和某个生态过程相关，或者获取时间序列数据。

 

二、热点之多营养联动

[5] Seibold S, Cadotte MW, MacIvor JS, Thorn S, Müller J. The Necessity of Multitrophic Approaches in Community Ecology. Trends Ecol Evol. 2018;33(10):754-764. doi:10.1016/j.tree.2018.07.001

相比以往的单营养级或单类群研究，多营养级研究得出的结论会相同吗？在实际调查中，是优先考虑营养级的全面，还是分类类群的全面？里边提出的科学问题可以借鉴。

[6] Warne RW, Baer SG, Boyles JG. Community Physiological Ecology. Trends Ecol Evol. 2019;34(6):510-518. doi:10.1016/j.tree.2019.02.002

动物内稳态控制（homeostatic control）对生态系统的级联影响。微生物角色的处理。突破关键在于，研究方法整合药物投放（改变动物内稳态）、高分辨率追踪技术、稳定同位素技术。

 

三、热点之微生物群落

[7] Vellend M. Conceptual synthesis in community ecology. Q Rev Biol. 2010 Jun;85(2):183-206. doi: 10.1086/652373. PMID: 20565040.

群落生态学的概念相对mess，这篇文章梳理了成种、漂变、选择和扩散在群落动态中的作用。

 

[8] Buchkowski RW, Bradford MA, Grandy AS, Schmitz OJ, Wieder WR. Applying population and community ecology theory to advance understanding of belowground biogeochemistry. Ecol Lett. 2017;20(2):231-245. doi:10.1111/ele.12712

微生物互作对生态系统的功能。相比环境-生物互作对生态系统功能的研究，群落动态和生物互作对生态系统功能的研究较少。

 

 

[9] Gibbons SM. Microbial community ecology: Function over phylogeny. Nat Ecol Evol. 2017;1(1):32. Published 2017 Jan 4. doi:10.1038/s41559-016-0032

后一篇是前一篇的编者按，写得非常精彩。以宏观生态下，各个大陆由于进化和隔离的原因，物种差异很大，但功能相似。Louca发现了凤梨微宇宙体系里微生物的功能可以保持稳定，但存在物种周转（分类多样性差异很大）。这和功能性状不是谱系保守的分析结果是一致的。物种分类差异大，可能不是扩散限制的原因（不符合地理距离隔离模型），可能是植物生理和环境差异造成的（虽然已经测量的环境因素只能解释5%）。研究的不足之处，是测得是16S，功能是预测的，没有测更多直接生态功能相关的指标。后续科学问题：生物群落物种组成不同，但生态功能相同的原因。

[10] Dini-Andreote F, Raaijmakers JM. Embracing Community Ecology in Plant Microbiome Research. Trends Plant Sci. 2018;23(6):467-469. doi:10.1016/j.tplants.2018.03.013

群落构建由选择、扩散、漂变、成种等因素影响。微生物以往以选择作用研究为主，需要把群落生态学框架转移到微生物组的研究中。

[11] Prosser JI, Martiny JBH. Conceptual challenges in microbial community ecology. Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci. 2020;375(1798):20190241. doi:10.1098/rstb.2019.0241

写作值得学习。概念上有四个需要考虑的问题，1、进化；2、微生物互作；3、空间（尺度）；4、响应环境变化及生态功能。落脚点是生态系统功能。