MSI文件是Windows Installer的数据包，它实际上是一个数据库，包含安装一种产品所需要的信息和在很多安装情形下安装（和卸载）程序所需的指令和数据。MSI文件将程序的组成文件与功能关联起来。此外，它还包含有关安装过程本身的信息:如安装序列、目标文件夹路径、系统依赖项、安装选项和控制安装过程的属性。

VS工具打包生成的exe文件是主要是用于检查安装的环境，当安装的环境检查成功后 msi

安装程序制作,一般有几种解决方案:
一.没有特殊要求,使用VS自带的安装项目,可以直接生成包搜索含EXE和MSI两个文件的安装文件.这两个文件是基于MS的INSTALLER服务的.一般只需要使用MSI程序即可.但需要客户机上运行INSTALLER服务.(现在的WINDOWS系统上都会有这个服务)
二.如果需要打包成正式一点的安装包,还是需要使用INSTALLSHILED.这个工具非常强大,一般的软件都使用的这个,而且网上有大量的使用手册/操作指南之类的帮助文件.
三.特殊情况自已用C#写安装程序.比如,我们在为SBO写ADDON的安装程序时,就需要自己写安装程序.这样的安装程序是把所有的文件作为嵌入资源放在一个EXE文件中.运行此安装程序时,可以把所有的文件COPY到指定目录,并且由于程序是自己写的,在安装期间可以使用大量的自定义操作,比如创建快捷方式,建立数据库等.由于.NET支持XCOPY方式安装,这种方式也非常好用.

安装文件MSI文件和EXE文件有什么区别?
msi是Windows installer开发出来的程序安装文件,它可以让你安装,修改,卸载你所安装的程序.说白了msi就是Windows installer的数据包,把所有和安装文件相关的内容封装在一个包里了.
setup.exe也允许你安装程序,但程序员在开发setup.exe的时候要比开发setup.msi困难的多,需要人工编写和安装,修改,卸载相关的很多内容.而msi把这写功能都集成化了,易于开发WINDWOS程序安装包