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选择Startup-Task，修改{cmd::Cmder}项，把:

*cmd /k "%ConEmuDir%\..\init.bat"  -new_console:d:%USERPROFILE%

修改成

cmd /k "%ConEmuDir%\..\init.bat"  -new_console:d:D:\

D:\ 根据你自己需要自定义。 
重启 cmder 之后就可以看到 cmder 已经进入了刚刚设置的 D:\ 目录。 （或者自己常放文件的路径）
同样也可以修改打开cmder的时候进入的操作模式(cmder、PowerShell、bash 等等)