第一种情况是用的教育版免费的Pymol，这个版本不提供高质量输出文件，并且带有水印，解决办法就是换开源版的软件或者直接购买。

        第二种，在开源版使用中，首先可以在命令窗口输入“help png”看一下输出命令的详细介绍：

help png

         png命令有五个属性：文件名、宽、高、dpi（像素密度）、ray（阴影渲染），其中文件名为必选，其他可选。

        在用像素为单位时，dpi并不起作用，只有在in、cm为单位时才有效。

        一般喜欢用像素单位，4000*4000的图片就够用了，然后用ps再更改图片大小为需要的宽高,比如500*500、tiff格式、300dpi。这样清晰度不会丢失，比直接输出500*500要好一点。

例子：

png 123.png,4000,4000,ray=1