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ASP.NET提供了强大的Web.config来配置网站，一般来说一个网站只有一个根目录下的Web.config文件，有时候我们希望子目录有着不同的权限或者参数设置，则可以在相应子目录增加一个Web.config配置文件，加入我们新的配置参数。这里需要注意的是，子目录web.config是继承父目录的所有设置的，因此，如果子目录放的是一个和父目录里不一样的网站，就不能共享父目录的配置了，否则很可能会冲突。

如果子目录使用独立Web.config，那如何避免与主目录的配置冲突呢？

方法一：在主目录中使用location标签（未验证）

即通过修改根目录的Web.config消除继承关系，在根目录Web.config文件的system.web或者一切不想让子目录继承的配置节点外面添加一层location如下：

<configuration>
  <location path="." inheritInChildApplications="false">
    <system.web>

    </system.web>
  </location>
</configuration>

inheritInChildApplications，即是否允许子目录继承，默认为true，我们修改为false就可以避免继承了。这种方法的优点是很简单，但是不够灵活。

方法二：在子目录中使用clear或remove屏蔽不需要配置（部分配置不支持）

不用修改根目录的Web.config文件，而是修改子目录的Web.config。假设根目录的Web.config设置了一个名为pscp的连接字符串，要在子目录使用另一个名字为pscp的连接字符串，就需要先清除已有的连接字符串（根目录继承下来的connectionString设置）；
清除所有的配置，可以用clear语法，清除指定名称的配置，可以用remove语法，如下：

<configuration>
    <configSections>
        <remove name="casClientConfig"/>
      </configSections>
    <connectionStrings>
          <clear/>
          <add name="pscp" connectionString="xxx"/>
    </connectionStrings>
      <system.webServer>
        <staticContent>
              <remove fileExtension=".properties" />
              <mimeMap fileExtension=".properties" mimeType="text/x-java-properties" />
        </staticContent>
      </system.webServer>
</configuration>

方法三：对程序池设置不重写配置（未验证）

如果子目录与父目录使用了不同的应用程序池，可以在 applicationHost.config 文件中（文件位置在：%WINDIR%\System32\inetsrv\Config 和 %WINDIR%\SysWOW64\inetsrv\config），找到相应子目录应用程序池的配置，添加 enableConfigurationOverride="false" 配置项，即可阻止配置的继承。示例如下：

<add name="MyAppPool" autoStart="true" managedRuntimeVersion="v4.0" managedPipelineMode="Integrated" enableConfigurationOverride="false">
    <processModel identityType="NetworkService" />
</add>

转自：https://*.com/questions/23367347/entry-has-already-been-added-two-separate-app-pools/24260655#24260655

在 IIS 中子目录（虚拟目录）设置不继承父目录（主站点） web.config 的方法