见上篇：genome browser | ggplot | 基因组可视化 | R | transcript | isoform

 

新需求（画出Fig 4D上面的辅图）：

 

山寨版，分析解构：

• 首先去method里找，完全没写是什么工具画的，那就猜吧；
• 其次看配色和对齐方式，基本肯定是ggplot画的，但仍然查不到是什么工具；
• 最后，能猜到这是卡通图，并不是真实的数据（exon的长度过于平均）；
• 优点：辅图一目了然的AS event可视化，这种barplot的可视化（颜色对应，PSI和为1）更加易读，可以看出作者在AS可视化上的功底；
• 细节也很到位：箭头和UTR

 

做一个API，自动读取AS event格式，添加箭头和UTR，以后可以常用。

 

待续~

 

 

参考：

• "ggplot2 exercise" drawing gene structure diagram
• ggbio: visualization toolkits for genomic data
• ggscaleRanges
• Introduction to ‘gggenes’
• Example Needed: Using arrow() with ggplot2