区别如下：

当你创建一个JFrame的时候JFrame jf = new JFrame();
在构造方法JFrame()内部会给jf默认添加一个rootPane
所以执行完JFrame jf = new JFrame();这句话之后jf上面已经添加了一个默认的rootpanel了
然后你再调用jf.add(panel) 这个时候,panel和rootPane是平级的
理由:1,你可以读源代码 ,查看构造方法怎么写的
     2,或者你可以测试一下,分别执行
jf.setBackground(Color.blue);
jf.getContentPane().setBackground(Color.black);
这两句代码,看看效果(实际上上面一句并不能改变界面的背景色,下面一句才可以,因为rootPane把jf给挡住了,上面一句是改变了jf的背景色,但是你眼睛看到的并不是jf,其实是rootPane.)
   
另外
jf.getContentPane()==jf.getRootPane().getContentPane()
上面的比较返回的true
所以你调用jf.getContentPane().add(panel) 其实是把panel添加到rootPane上面了，这个时候panel和rootPane就不是平级的了

    /**
     

      * Called by the constructor methods to create the default
     

　　　 * <code>rootPane</code>.
     

      */
    

    protected JRootPane createRootPane() {
        

        JRootPane rp = new JRootPane();
        

        // NOTE: this uses setOpaque vs LookAndFeel.installProperty as there
        

        // is NO reason for the RootPane not to be opaque. For painting to
        

        // work the contentPane must be opaque, therefor the RootPane can
        

        // also be opaque.
        

        rp.setOpaque(true);
        

        return rp;
    

    }
以上黄色部分是JFrame类的源代码片段！

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示例：

　　在过去的J2SE版本中，部件(components)不能直接添加到*(top level)的Swing容器，这些容器包括：JFrame, JDialog, JWindow, JApplet和JInternalFrame. 例如现在有一个JFrame的instance命名为aFrame。 我们要添加一个命名为aComponent的部件（比如一个JPanel）到JFrame里。以往我们需要调用JFrame的getContentPane()办法。如下：

    aFrame.getContentPane().add(aComponent)

      在J2SE5.0中，我们可以直接添加部件到*的Swing容器，也可以直接在容器内设置布局管理（Layout Manager）和删除部件。这个变化允许我们可以省去调用getContentPane()而直接在容器内应用add(),setLayout()和remove()。然而，我们还是不能忽略了ContentPane，即使我们可能将不会再使用ContentPane来添加部件到容器。 先看一个我们以往在J2SE1.4及其以前的版本经常应用到的例子。我们要设置一个JFrame的布局管理而且添加一些部件到该JFrame。查看api关于JFrame的文件可以发现, JFrame从java.awt.Container继承了add()办法. 该add()是用来添加一个部件到JFrame容器. Container类里也包含setLayout()办法, 该setLayout()是用来设置继承者(比如上面的JFrame容器)的布局管理。
 下面是一个简单的例子: 
   import javax.swing.JFrame;
   import javax.swing.JPanel;
   import java.awt.GridLayout;
   import java.awt.Color;
   public class FrameTest extends JFrame {
   //注意在1.4及其以前版本中可以编译,但是运行有问题
   //5.0版本运行正常
     FrameTest(){
       super("Test");
       setBackground(Color.BLACK);
       setLayout(new GridLayout(6,6,2,2));  // 1.4中问题 1
       for ( int i=0;i<36; i++){
         JPanel jPanel = new JPanel();
         jPanel.setBackground(new Color (
                (int)(Math.random()*16777215)));
         add(jPanel);                      // 1.4中问题 2
       }
       setSize(400,400);
       setVisible(true);
     }
     public static void main(String[] args){
       new FrameTest();
     }
   }
运行效果1如下：

这时我们注意到上面输出的JFrame的背景颜色并不是黑色而是白色， 也就是说上面的setBackground(Color.BLACK)编译后该JFrame的背景颜色并没有被显示，如果要让JFrame背景颜色为黑色--grid之间颜色为黑色还需要调用getContentPane()，
getContentPane().setBackground(Color.BLACK); 
运行效果2如下：

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From：http://mindprod.com/jgloss/contentpane.html