之前写过Trinity，也是个老牌软件Trinity：转录组从头组装_trinity组装转录组-****博客

今天看文献有人用rnaSPAdes，可能大家比较了解SPAdes，用在宏基因组和单菌组装比较多

之前也写过，在下载metaSPAdes时，其实已经把rnaSPAdes给下载了metaSPAdes,megahit,IDBA-UB:宏基因组装软件安装与使用_metaspades和megahit-****博客

rnaSPAdes使用

转录组组装 - SPAdes Assembly Toolkit

 首先，我用的去rRNA软件是SortMeRNA，我的代码输出的是一个的非rRNA序列fastq

查找rRNA：barrnap，宏转录组去除rRNA：SortMeRNA-****博客

为了防止出现错误，我先将这一个fastq分成两个

使用bbtools的reformat.sh

BBtools安装和使用-****博客

#使用bbtools的reformat.sh
~/bbmap/reformat.sh -in=other.fq -out=other_1.fastq -out2=other_2.fastq
#查看分的对不对
head other_1.fastq
head other_2.fastq

#然后批量组装
num=${i%%_sortmerna_1.fastq}
${software_path}/SPAdes/SPAdes-3.15.5/rnaspades.py \
	-o ${num}_rnaSPAdes -1 ${num}_sortmerna_1.fastq -2 ${num}_sortmerna_2.fastq \
	-t 180 -m 450 

结果文件介绍：

"此外，rnaSPAdes 将具有不同过滤水平的转录本输出到 /： - hard_filtered_transcripts.fasta - 仅包括表达量相当高的长而可靠的转录本。 - soft_filtered_transcripts.fasta - 包括短和低表达的转录本，可能包含垃圾序列。

我们建议您使用主文件，以防您对项目没有任何特定需求。transcripts.fasta"

 transcripts.fasta 用这个就行了