目录：
一、PHP中调用外部命令介绍
二、关于安全问题
三、关于超时问题
四、关于PHP运行linux环境中命令出现的问题
一、PHP中调用外部命令介绍
在PHP中调用外部命令，有三种方法：
1. 调用专门函数
2. 反引号
3. popen()函数打开进程
方法一：调用PHP提供的专门函数（四个）：
PHP提供4个专门的执行外部命令的函数：exec(), system(), passthru(), shell_exec()
1）exec()：替换原有进程
原型: string exec ( string $command , array &$output , int &$return_var )
string $command：要执行的命令(必需)
array &$output：返回的结果（可选），exec执行系统外部命令时不会输出结果，而是返回结果的最后一行，所有如果想得到结果，可以使用第二个参数，让其输出到指定的数组
int &$return_var：是否执行成功（可选），用来取得命令执行的状态码，通常执行成功都是返回0
<?php
exec("dir",$output);
print_r($output);
?>
2）system():开启新的进程
原型: string system ( string $command [, int &$return_var ] )
string $command：要执行的命令(必需)
int &$return_var：是否执行成功（可选），用来取得命令执行的状态码，通常执行成功都是返回0
说明: system和exec的区别在于，system在执行系统外部命令时，它执行给定的命令，输出和返回结果。
<?php
system("pwd",$result);
print $result;//输出命令的结果状态码
?>
关于第二个参数结果状态码的简单介绍：
如果返回0是运行成功，
在Bash中，当错误发生在致命信号时，bash会返回128+signal number做为返回值。
如果找不到命令，将会返回127。
如果命令找到了，但该命令是不可执行的，将返回126。
除此以外，Bash本身会返回最後一个指令的返回值。
若是执行中发生错误，将会返回一个非零的值。
Fatal Signal : 128 + signo
Can't not find command : 127
Can't not execute : 126
Shell script successfully executed : return the last command exit status
Fatal during execution : return non-zero
3）passthru()
原型: void passthru ( string $command [, int &$return_var ] )
string $command：要执行的命令(必需)
int &$return_var：是否执行成功（可选），用来取得命令执行的状态码，通常执行成功都是返回0
说明: passthru与system的区别，passthru直接将结果输出到游览器，不返回任何值，且其可以输出二进制，比如图像数据
<?php
header("Content-type:image/gif");
passthru("/usr/bin/ppm2tiff /usr/share/tk8.4/demos/images/teapot.ppm");
?>
4）shell_exec()
原型: string shell_exec ( string $cmd )
说明: 直接执行命令$cmd
<?php
$output = shell_exec('ls -lart');
echo "<pre>$output</pre>";
?>
方法二：反撇号
原型: 反撇号`（和~在同一个键）执行系统外部命令
说明: 在使用这种方法执行系统外部命令时，要确保shell_exec函数可用，否则是无法使用这种反撇号执行系统外部命令的。
<?php
echo `dir`;
?>
方法三：用popen()函数打开进程
popen()也常常被用来执行一个程序。
FILE *popen(const char *command, const char *type);
int pclose(FILE *stream);
popen() 函数用创建管道的方式启动一个 进程, 并调用 shell. 因为管道是被定义成单向的, 所以 type 参数只能定义成只读或者只写, 不能是两者同时, 结果流也相应的是只读或者只写. command 参数是一个字符串指针, 指向的是一个以 null 结束符结尾的字符串, 这个字符串包含一个 shell 命令. 这个命令被送到 /bin/sh 以 -c 参数执行, 即由 shell 来执行. type 参数也是一个指向以 null 结束符结尾的字符串的指针, 这个字符串必须是 'r' 或者 'w’ 来指明是读还是写.
popen() 函数的返回值是一个普通的标准I/O流, 它只能用 pclose() 函数来关闭, 而不是 fclose() 函数. 向这个流的写入被转化为对 command 命令的标准输入; 而 command 命令的标准输出则是和调用 popen(), 函数的进程相同，除非这个被command命令自己改变. 相反的, 读取一个 “被popen了的” 流, 就相当于读取 command 命令的标准输出, 而 command 的标准输入则是和调用 popen, 函数的进程相同.
注意, popen 函数的 输出流默认是被全缓冲的.
pclose 函数等待相关的进程结束并返回一个 command 命令的退出状态
二、关于安全问题：
由于PHP基本是用于WEB程序开发的，所以安全性成了人们考虑的一个重要方面。
于是PHP的设计者们给PHP加了一个门：安全模式。
在php.ini中的设置safe_mode = On
如果运行在安全模式下，那么PHP脚本中将受到如下四个方面的限制：
1. 执行外部命令
2. 在打开文件时有些限制
3. 连接MySQL数据库
4. 基于HTTP的认证
在安全模式下，只有在特定目录中的外部程序才可以被执行，对其它程序的调用将被拒绝。这个目录可以在php.ini文件中用safe_mode_exec_dir指令，或在编译PHP 是加上–with-exec-dir选项来指定，默认是/usr/local/php/bin。
当你使用这些函数来执行系统命令时，可以使用escapeshellcmd()和escapeshellarg()函数阻止用户恶意在系统上执行命令，escapeshellcmd()针对的是执行的系统命令，而escapeshellarg()针对的是执行系统命令的参数。这两个参数有点类似addslashes()的功能。
三、关于超时问题
当执行命令的返回结果非常庞大时，可以需要考虑将返回结果输出至其他文件，再另行读取文件，这样可以显著提高程序执行的效率。
如果要执行的命令要花费很长的时间，那么应该把这个命令放到系统的后台去运行。但在默认情况下，象system()等函数要等到这个命令运行完才返回（实际上是在等命令的输出结果），这肯
定会引起PHP脚本的超时。解决的办法是把命令的输出重定向到另外一个文件或流中，如：
<?php
system("/usr/local/bin/order_proc > /tmp/abc ");
?>
但我调用的DOS命令需要几分钟的时间，而且为了批处理不能简单的把结果写入文件了事，要顺序执行以下的程序
PHP设置了调用系统命令的时间限制，如果调用命令超时，虽然这个命令还是会被执行完，但PHP没有得到返回值，被终止了（最可恨的是，不显示任何错误）
修改php.ini并重启Apache以允许系统命令运行更长的时间
max_execution_time = 600
四、关于PHP运行linux环境中命令出现的问题
php一般是以apache用户身份去执行的，也可能是www用户，把apache加入到存储你文件的父文件夹属组里去，然后改该父文件夹权限为775，这样属组成员就有写的权限，而apache属于
这个组就可以改写该目录下所有文件的权限。
例如：chown www:www dirName
这样dirName目录才能被php所控制
注意：改apache/php的运行用户方法不安全
另外即使文件或目录已经是www，php的安全设置也都照顾到，一些自己安装linux的命令仍然可能无法运行，例如我曾经安装的ffmpeg软件，原因就是linux的运行权限问题，即使ffmpeg有
www权限设置，但由于ffmpeg所依赖的库文件是不允许www用户运行，所以php运行此程序仍然会报127或126错误，通过 ldd 命令可以查看ffmpeg命令依赖的库情况。
这个时候就必须对ffmpeg的依赖库经行设置。具体方法属于linux管理中的话题，这里不就讨论了