GWAS研究中经常涉及到基因座(locus)的概念,下面简要介绍一下批量注释基因到基因座的方法。
1、单个基因注释到基因座
对于单个基因的基因座注释,比较简单,常用的工具有:UCSC Genome Browser、NCBI。
比如UCSC Genome Browser:
还有NCBI:
2、批量注释多个基因到基因座
下面介绍一个网页版的批量注释基因到基因座的工具:BioMart
进入网址:http://www.ensembl.org/biomart/martview
如下所示:
以人类为例,进入网站后,在CHOOSE DATABASE
中依次选择Ensembl Genes 104
、Human genes (GRCh38.p13)
:
依次点击Filters
、GENE
,在GENE
栏中选择基因格式,这里以HGNC symbol(s)
为例,选择完毕后,在输入框中把基因名黏贴进去:
随后依次点击Attributes
和GENE
,在GENE
栏中勾选Chromosome/scaffold name
、Gene start (bp)
、Gene end (bp)
、Karyotype band
、Gene name
:
最后,点击左上角的Results
,结果如下所示:
可以看到,Karyotype band
这一列就是我们要的基因座信息,最后点击Go
就可以把结果下载下来啦。
致谢橙子牛奶糖(陈文燕),请用参考模版:We thank the blogger (orange_milk_sugar, Wenyan Chen) for XXX
感谢小可爱们多年来的陪伴, 我与你们一起成长~