批量注释基因到基因座上(map gene to locus)

GWAS研究中经常涉及到基因座(locus)的概念,下面简要介绍一下批量注释基因到基因座的方法。

1、单个基因注释到基因座

对于单个基因的基因座注释,比较简单,常用的工具有:UCSC Genome BrowserNCBI

比如UCSC Genome Browser

批量注释基因到基因座上(map gene to locus)

还有NCBI

批量注释基因到基因座上(map gene to locus)

2、批量注释多个基因到基因座

下面介绍一个网页版的批量注释基因到基因座的工具:BioMart

进入网址:http://www.ensembl.org/biomart/martview

如下所示:

批量注释基因到基因座上(map gene to locus)

以人类为例,进入网站后,在CHOOSE DATABASE中依次选择Ensembl Genes 104Human genes (GRCh38.p13)

批量注释基因到基因座上(map gene to locus)

依次点击FiltersGENE,在GENE栏中选择基因格式,这里以HGNC symbol(s)为例,选择完毕后,在输入框中把基因名黏贴进去:

批量注释基因到基因座上(map gene to locus)

随后依次点击AttributesGENE,在GENE栏中勾选Chromosome/scaffold nameGene start (bp)Gene end (bp)Karyotype bandGene name:

批量注释基因到基因座上(map gene to locus)

最后,点击左上角的Results,结果如下所示:

批量注释基因到基因座上(map gene to locus)

可以看到,Karyotype band这一列就是我们要的基因座信息,最后点击Go就可以把结果下载下来啦。


致谢橙子牛奶糖(陈文燕),请用参考模版:We thank the blogger (orange_milk_sugar, Wenyan Chen) for XXX

感谢小可爱们多年来的陪伴, 我与你们一起成长~

批量注释基因到基因座上(map gene to locus)

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