批量注释基因到基因座上(map gene to locus)

2024-02-19 23:22:04

GWAS研究中经常涉及到基因座（locus）的概念，下面简要介绍一下批量注释基因到基因座的方法。

1、单个基因注释到基因座

对于单个基因的基因座注释，比较简单，常用的工具有：UCSC Genome Browser、NCBI。

比如UCSC Genome Browser：

还有NCBI：

下面介绍一个网页版的批量注释基因到基因座的工具：BioMart

进入网址：http://www.ensembl.org/biomart/martview

如下所示：

以人类为例，进入网站后，在CHOOSE DATABASE中依次选择Ensembl Genes 104、Human genes (GRCh38.p13)：

依次点击Filters、GENE，在GENE栏中选择基因格式，这里以HGNC symbol(s)为例，选择完毕后，在输入框中把基因名黏贴进去：

随后依次点击Attributes和GENE，在GENE栏中勾选Chromosome/scaffold name、Gene start (bp)、Gene end (bp)、Karyotype band、Gene name:

最后，点击左上角的Results，结果如下所示：

可以看到，Karyotype band这一列就是我们要的基因座信息，最后点击Go就可以把结果下载下来啦。

致谢橙子牛奶糖（陈文燕），请用参考模版：We thank the blogger (orange_milk_sugar, Wenyan Chen) for XXX

感谢小可爱们多年来的陪伴，我与你们一起成长~