经过几轮调试和修改，共线性图终于可以上眼了。如下：

 

 图中红色的为目标基因，蓝色的为reference species目标基因周围15个基因，天蓝色为再往外15个基因，黄色为与reference species存在的共线性，灰色为相邻物种间的共线性。

标注有物种信息，scaffold信息，并用颜色加以区分物种的不同属性。

最后一章的代码和思路更新见公众号。

 

接下来公众号将继续更新R画图和文献等内容。