查找感兴趣的基因、基因组区域是否有调控元件的在线网页工具EpiRegio

前几天,Nucleic Acids Res新发了一篇文章,关于查找基因组调控元件的网页在线工具EpiRegiohttps://epiregio.de/。

查找感兴趣的基因、基因组区域是否有调控元件的在线网页工具EpiRegio

具体来说,该工具有以下三个功能:

1)通过给定一系列的感兴趣基因,查找调控基因的元件;
2)通过给定一系列基因组区域,查找该区域是否有调控元件;
3)通过给定一系列调控元件,查找被元件调控的基因;

下面,我们来看一下这三个功能的输入和输出:

1、通过给定一系列的感兴趣基因,查找调控基因的元件

进入网站https://epiregio.de/geneQuery/

基因的输入很简单,接受“gene symbol” 或 “ensembl ID”两种输入格式。

接受输入一个或者多个基因,当输入多个基因时,文件格式如下图所示,一行一个基因,文件的后缀为csv或txt:

查找感兴趣的基因、基因组区域是否有调控元件的在线网页工具EpiRegio

按如下截图输入基因后,点击Query Database

查找感兴趣的基因、基因组区域是否有调控元件的在线网页工具EpiRegio

结果如下所示,会显示该基因上有多少个调控元件,调控元件的起始、终止位置,调控元件的功能是抑制还是激活,在什么组织中发挥调控作用。

查找感兴趣的基因、基因组区域是否有调控元件的在线网页工具EpiRegio

2、通过给定一系列基因组区域,查找该区域是否有调控元件;

进入网站https://epiregio.de/regionQuery/

基因组的输入格式也很简单,只需要输入染色体编号、起始区域、终止区域即可。

接受输入一个或者多个基因组区域,当输入多个区域时,文件格式如下图所示,一行一个基因组区域,文件的后缀为csv或txt或bed:

查找感兴趣的基因、基因组区域是否有调控元件的在线网页工具EpiRegio

按如下截图输入基因组区域后,点击Query Database

查找感兴趣的基因、基因组区域是否有调控元件的在线网页工具EpiRegio

结果如下所示,会显示输入的基因组区域有哪些调控元件,调控元件的起始、终止区域,调控元件的功能是抑制还是激活。

查找感兴趣的基因、基因组区域是否有调控元件的在线网页工具EpiRegio

3、通过给定一系列调控元件,查找被元件调控的基因;

进入网站https://epiregio.de/REMQuery/

输入格式为REM号,当输入多个REM号时,文件格式如下图所示,一行一个REM号,文件的后缀为csv或txt:

查找感兴趣的基因、基因组区域是否有调控元件的在线网页工具EpiRegio

按如下截图输入REM号或者文件后,点击Query Database

查找感兴趣的基因、基因组区域是否有调控元件的在线网页工具EpiRegio

结果如下所示,会显示输入的REM号在基因组的哪些区域上,以及调控元件的起始、终止区域,调控元件的功能是抑制还是激活。

查找感兴趣的基因、基因组区域是否有调控元件的在线网页工具EpiRegio

另外,需要注意的是,该网站出现的所有位置都是hg38版本。

感兴趣的查看原文链接:https://academic.oup.com/nar/advance-article/doi/10.1093/nar/gkaa382/5847772
题目:EpiRegio: analysis and retrieval of regulatory elements linked to genes

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