众所周知,ImageJ可对Stack图像进行重建来构建三维立体模型(详见:老司机带你解锁ImageJ三维图像分析)。医学图像中CT层扫图片可重建为三维立体模型,共聚焦图片也可以进行Z-Stack层扫获得三维图片。最近有人问我如何使用ImageJ保存三维效果图,今天就给大家分享一些保存Stack图片三维效果的多种方法!
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ImageJ保存三维图片1、ImageJ 1.50b File -> Open打开Stack图片,Stack图片具备有三个空间维度:X,Y和Z。
2、Plugins -> 3D -> Volume Viewer,其三维效果如下:
Volume Viewer参数设置:Scale可调控三维体积显示的比例,可进行放大、缩小(当前Scale 1.74):
Hide TF可以按照左侧各方向(XY、YZ、XZ)剖线显示三维剖面图:
除鼠标拖拽动三维效果图外,还可以通过Rotation的x、y、z值转动三维效果图。此外,点击xy、yz、xz可分别展示其在xy、yz、xz方向的视图:
3、点击Volume Viewer下Save View:
得到该图片的三维效果图,File -> Save as…保存图片即可。
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蔡司ZEN软件保存三维图片ZEN数字成像软件是是所有蔡司光学显微成像系统共用的用户界面。该软件能简单快速地提供结果,可以随时查看系统提供的备选方案和正确的操作步骤。
ZEN数字成像软件界面如下:
ZEN数字成像软件拍摄Stack图片需设置拍摄的起点(Set First)、终点(Set Last)与步进等:
File -> Open打开拍摄好的Stack图片Chromo:
点击3D,显示三维边框即可显示Stack图片三维效果图:
File -> Export导出三维图片,格式选择Tagged Image File,Data选择Full resolution image window-single plane,选择保存文件夹即可保存三维图片:
ZEN数字成像软件还可以显示2D图像:
拆分荧光通道(Split):
Gallery可显示Stack图片中的所有层面,类似ImageJ中Image -> Stacks -> Make Montage操作:
Ortho常用来显示三维共定位,下图层扫共聚焦图片通过正交视图可显示BrdU与GAD在三维空间中存在共定位:
ImageJ中正交视图操作为Image -> Stacks -> Orthogonal Views,ZEN中点击Ortho导出图片即可:
Cut可以显示三维立体模型特定三维切面额剖面图:
今天就给大家分享了ImageJ、ZEN保存Stack图片三维效果的方法,简要介绍了ZEN数字成像软件的一些基本功能,希望对大家有所帮助!祝大家实验顺利!
参考文献:Prakash R, Somanath PR, El-Remessy AB, et al. Enhanced cerebral but not peripheral angiogenesis in the Goto-Kakizaki model of type 2 diabetes involves VEGF and peroxynitrite signaling. Diabetes. 2012;61(6):1533-42.