homology策略预测基因结构，下载了公共mRNA/CDS序列，考虑用gmap比对。本来是个很简单的脚本，但总是不那么顺利。

无论是用conda安装，还是源码安装较新版本，都存在问题。

gmap_build -D ./ -d reference reference.fa
gmap -t 10 -D ./ -d reference -f gff3_gene cds.fa > cds_gene.gff3

第一步建立索引都没问题。但比对时，没报错，出现如下：

Pre-loading ref positions, kmer 15, interval 3......done (530,977,840 bytes, 0.01 sec)
Starting alignment
No paths found for XM_006664437.3
No paths found for XM_040529871.1
No paths found for XM_040529870.1
.....

结果是cds_gene.gff3除了表头，一条结果都没有。

在网上找了一圈，推荐版本降级，参考：https://github.com/PASApipeline/PASApipeline/issues/88。

于是，我重新安装了gmap-gsnap-2017-11-15.tar.gz，源码编译安装。

wget -c http://research-pub.gene.com/gmap/src/gmap-gsnap-2017-11-15.tar.gz
tar -xvf gmap-gsnap-2017-11-15.tar.gz
mkdir gmap
cd gmap-gsnap-2017-11-15
./configure --prefix=/path/biosoft/gmap
make && make install

安装时间较新版本要长，再次使用时，虽然仍有少部分序列出现No paths found，但大部分还是正常的。看了下，那些没比对上的基本上原本就是预测的。因此结果应该正常。