GWAS分析结果中pvalue/p.ajust为0时如何处理?

在GWAS分析的结果中,偶尔会遇到到pvalue为0的SNP位点,这时如果直接做曼哈顿或QQ图,会出错,因为log0无意义。

此时,该如何处理?

如果你用的是Plink1.9来做的GWAS,可加一个参数:
--output-min-p 1e-99,即将小于1e-99的pvalue都当成1e-99,0也不例外。

如果你用的是其他软件,手动将结果改动。可先用NA填充,再以最小值或更小值替换,如:

  dat[dat==0] <- NA
  dat[is.na(dat)] <- min(dat$P,na.rm = T)*0.01

为何会出现pvalue为0的时候?好好想想。。。

https://www.biostars.org/p/145607/

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