图神经网络之四：InMemoryDataset基类与节点预测与边预测
引言
这篇是datawhale组队学习之图神经网络第四篇，本笔记主要梳理课程的关键点，以及简单的代码实现。
InMemoryDataset基类
在PyG中，我们通过继承InMemoryDataset类来自定义一个数据可全部存储到内存的数据集类。
首先我们给出InMemoryDataset类表达式：
class InMemoryDataset(
root: Optional[str] = None,
transform: Optional[Callable] = None,
pre_transform: Optional[Callable] = None,
pre_filter: Optional[Callable] = None)
-
root：字符串类型,存储数据集的文件夹的路径 :
raw_dir和processed_dir(两个文件夹均为属性方法，自定义文件夹名称)raw_dir:用于存储未处理的文件，从网络上下载的数据集原始文件会被存放到这里processed_dir，处理后的数据被保存到这里，以后从此文件夹下加载文件即可获得Data对象 -
transform：函数类型，一个数据转换函数，它接收一个Data对象并返回一个转换后的Data对象。此函数在每一次数据获取过程中都会被执行。获取数据的函数首先使用此函数对Data对象做转换，然后才返回数据。此函数应该用于数据增广（Data Augmentation）。该参数默认值为None，表示不对数据做转换。 -
pre_transform：函数类型，一个数据转换函数，它接收一个Data对象并返回一个转换后的Data对象。此函数在Data对象被保存到文件前调用。因此它应该用于只执行一次的数据预处理。该参数默认值为None，表示不做数据预处理。 -
pre_filter：函数类型，一个检查数据是否要保留的函数，它接收一个Data对象，返回此Data对象是否应该被包含在最终的数据集中。此函数也在Data对象被保存到文件前调用。该参数默认值为None，表示不做数据检查，保留所有的数据。
通过继承InMemoryDataset类来构造一个我们自己的数据集类，我们需要**实现
-
raw_file_names()：这是一个属性方法，返回一个数据集原始文件的文件名列表，数据集原始文件应该能在raw_dir文件夹中找到，否则调用process()函数下载文件到raw_dir文件夹。 -
processed_file_names()。这是一个属性方法，返回一个存储处理过的数据的文件的文件名列表，存储处理过的数据的文件应该能在processed_dir文件夹中找到，否则调用process()函数对样本做处理，然后保存处理过的数据到processed_dir文件夹下的文件里。 -
download(): 下载数据集原始文件到raw_dir文件夹。 -
process(): 处理数据，保存处理好的数据到processed_dir文件夹下的文件。
import os.path as osp
import torch
from torch_geometric.data import (InMemoryDataset, download_url)
from torch_geometric.io import read_planetoid_data
class PlanetoidPubMed(InMemoryDataset):
r""" 节点代表文章，边代表引用关系。
训练、验证和测试的划分通过二进制掩码给出。
参数:
root (string): 存储数据集的文件夹的路径
transform (callable, optional): 数据转换函数，每一次获取数据时被调用。
pre_transform (callable, optional): 数据转换函数，数据保存到文件前被调用。
"""
# url = 'https://github.com/kimiyoung/planetoid/raw/master/data'
url = 'https://gitee.com/rongqinchen/planetoid/raw/master/data'
# 如果github的链接不可用，请使用gitee的链接
def __init__(self, root, transform=None, pre_transform=None):
super(PlanetoidPubMed, self).__init__(root, transform, pre_transform)
self.data, self.slices = torch.load(self.processed_paths[0])
@property
def raw_dir(self):
return osp.join(self.root, 'raw')
@property
def processed_dir(self):
return osp.join(self.root, 'processed')
@property
def raw_file_names(self):
names = ['x', 'tx', 'allx', 'y', 'ty', 'ally', 'graph', 'test.index']
return ['ind.pubmed.{}'.format(name) for name in names]
@property
def processed_file_names(self):
return 'data.pt'
def download(self):
for name in self.raw_file_names:
download_url('{}/{}'.format(self.url, name), self.raw_dir)
def process(self):
data = read_planetoid_data(self.raw_dir, 'pubmed')
data = data if self.pre_transform is None else self.pre_transform(data)
torch.save(self.collate([data]), self.processed_paths[0])
def __repr__(self):
return '{}()'.format(self.name)
dataset = PlanetoidPubMed('dataset/PlanetoidPubMed')
print(dataset.num_classes)
print(dataset[0].num_nodes)
print(dataset[0].num_edges)
print(dataset[0].num_features)