目前我们在发布应用程序时，有时用户下载后会被360杀毒当做木马直接隔离。为应用程序可执行文件打上数字签名可以让360杀毒放宽检测规则。下文是讲述如何制作数字签名证书的过程。
需要准备的工具：makecert.exe、cert2spc.exe、pvk2pfx.exe、signtool.exe。
在MS的SDK6.0中有个证书生成工具makecert.exe， 你可以使用这个工具来生成测试用的证书。
第一步，生成一个自签名的根证书（issuer，签发者）。
>makecert -n "CN=Root" -r -sv RootIssuer.pvk RootIssuer.cer
这个时候，会弹出提示框，首先给RootIssuer.pvk文件设置私钥保护口令；
然后，再次输入这个口令用私钥(在RootIssuer.pvk文件中）来给公钥（在RootIssuer.cer文件中）加密。
第二步，使用这个证书签发一个子证书（使用者，subject）。
>makecert -n "CN=Child" -iv RootIssuer.pvk -ic RootIssuer.cer -sv ChildSubject.pvk ChildSubject.cer
此时，会弹出提示框先给这个子证书的私钥文件ChildSubject.pvk设置保护口令；
然后，输入这个子证书的私钥(在ChildSubject.pvk中)口令来保护子证书的公钥(在ChildSubject.cer中)。
接下来会提示输入根证书私钥(在RootIssuer.pvk中)口令来签发整个子证书(公钥和用户信息)。
如果你还要签发更多的子证书，类似的，使用这个证书来签发再下层的证书，前提是ChildSubject证书也可以用于签发(作为Issuer)用途。
备注：
(1)如果你需要一个交互证书，用于安全通信，那么，加入选项 -sky exchange；
(2)如果你需要一个签名证书来签发证书或者二进制文件，那么，加入选项 -sky signature.
(3)如果你需要一个客户端证书来标志你的身份，或者个人信息保护（电子邮件），那么，选项-n 中的E字段是不可缺少的。
举例：-n "CN=公司名称, E=E-MAIL地址, O=组织名称, OU=组织单位, C=国家, S=省份(州), P=县城"
参数为：makecert -r -pe -n "cn=MyCA" -$ commercial -a sha1 -b 08/05/2010 -e 01/01/2012 -cy authority -ss my -sr currentuser
其中各部分的意义：
-r： 自签名
-pe： 将所生成的私钥标记为可导出。这样可将私钥包括在证书中。
-n "cn=MyCA"： 证书的subject name，.net自带类库中有X509Store类，可以在store中根据证书subject name，来找到改证书
store参考：X509Store 类
-$ commercial：指明证书商业使用。。。
-a：指定签名算法。必须是 md5（默认值）或 sha1。
-b 08/05/2010：证书有效期的开始时间，默认为证书的创建日期。格式为：mm/dd/yyyy
-e 01/01/2012：指定有效期的结束时间。默认为 12/31/2039 11:59:59 GMT。格式同上
-ss my：证书产生到my个人store区
-sr currentuser：保持到计算机当前个人用户区，其他用户登录系统后则看不到该证书。。
查看该生成的证书并导出：
可以在MMC的证书管理单元中对证书存储区进行管理。Windows没有给我们准备好直接的管理证书的入口。自己在MMC中添加，步骤如下：
1. 开始→运行→MMC，打开一个空的MMC控制台。
2. 在控制台菜单，文件→添加/删除管理单元→添加按钮→选”证书”→添加→选”我的用户账户”→关闭→确定
3. 在控制台菜单，文件→添加/删除管理单元→添加按钮→选”证书”→添加→选”计算机账户”→关闭→确定
然后导出为PFX格式的证书，PKCS#12规范的证书，包含了公钥和私钥，导出时需要提供一个私钥的保护密码，在导出时设置即可
其他辅助工具:
1) 公钥证书格式转换成SPC。 cert2spc.exe
>cert2spc TestRoot.cer TestRoot.spc
.spc 意思是 软件发布者证书（Software Pulisher Cerificate）.
2) 将公钥证书和私钥合并成一个PFX格式的证书文件。pvk2pfx.exe
>pvk2pfx -pvk TestRoot.pvk -spc TestRoot.spc -pfx TestRoot.pfx
输入TestRoot.pvk的保护口令来合并.pvk和.spc文件，如果你不设置即将合并出来的TestRoot.pfx的保护口令的话，这个保护口令和输入文件TestRoot.pvk的保护口令一样。(备注：直接从cer文件也可以，不一定要得到SPC文件).
3) 签名工具。signtool.exe
二进制文件数字签名.为了保证二进制文件的完整性，数字签名是一个好的方法。
以下命令启动一个有图形界面的文件签名工具向导:
>signtool wizard
以下是命令行方式的签名:
>signtool sign /f "pfx文件的全路径" /p "pfx文件的保护口令" /t "http://timestamp.verisign.com/scripts/timstamp.dll" /d "本次签名的描述" "被签名的程序的全路径"