Innodb存储引擎可将所有数据存放于ibdata*的共享表空间，也可将每张表存放于独立的.ibd文件的独立表空间。共享表空间以及独立表空间都是针对数据的存储方式而言的。
共享表空间
某一个数据库的所有的表数据，索引文件全部放在一个文件中，默认这个共享表空间的文件路径在data目录下。 默认的文件名为:ibdata1 初始化为10M。
优点：可以将表空间分成多个文件存放到各个磁盘上（表空间文件大小不受表大小的限制，如一个表可以分布在不同的文件上）。数据和文件放在一起方便管理。
缺点：所有的数据和索引存放到一个文件中，虽然可以把一个大文件分成多个小文件，但是多个表及索引在表空间中混合存储，这样对于一个表做了大量删除操作后表空间中将会有大量的空隙，特别是对于统计分析，日值系统这类应用最不适合用共享表空间。
独立表空间
每一个表都将会生成以独立的文件方式来进行存储，每一个表都有一个.frm表描述文件，还有一个.ibd文件。 其中这个文件包括了单独一个表的数据内容以及索引内容，默认情况下它的存储位置也是在表的位置之中。
优点：
1.每个表都有自已独立的表空间。
2.每个表的数据和索引都会存在自已的表空间中。
3.可以实现单表在不同的数据库中移动。
4.空间可以回收（除drop table操作处，表空不能自已回收）
a.Drop table操作自动回收表空间，如果对于统计分析或是日值表，删除大量数据后可以通过:alter table TableName engine=innodb;回缩不用的空间。
b.对于使innodb-plugin的Innodb使用turncate table也会使空间收缩。
c.对于使用独立表空间的表，不管怎么删除，表空间的碎片不会太严重的影响性能，而且还有机会处理。
缺点：
单表增加过大，如超过100个G。
详细说明
该参数在mysql5.6.6及其后续版本默认开启，开启该参数的时候，Innodb将每个新创建的表的数据及索引存储在一个独立的.ibd文件里，而不是系统的表空间。当这些innodb表被删除或清空的时候，存储空间会被回收。
开启innodb_file_per_table，在ALTER TABLE操作重建表的情况下，会将innodb表从系统共享表空间移动到独立的.ibd文件。
不开启innodb_file_per_table，innodb会将所有表及索引的数据存储在构成系统表空间的ibdata文件。这样会降低文件系统操作的性能开销，例如DROP TABLE 或 TRUNCATE TABLE。它最适合于将整合磁盘都用于存储mysql数据的情况，因为系统表空间不会收缩，所有的数据库都在一个空间实例里面。当innodb_file_per_table=OFF的时候，应避免在空间受限的系统表空间里导入大量临时数据。
innodb_file_per_table 可通过SET GLOBAL动态的修改为ON或OFF，也可以在my.cnf中做永久性修改，在my.cnf中修改后生效的话需要重启mysqld服务。
1.innodb_file_per_table设置.开启方法：
在my.cnf中[mysqld]下设置
innodb_file_per_table=1
2.查看是否开启：
mysql> show variables like '%per_table%';
3.关闭独享表空间
innodb_file_per_table=0关闭独立的表空间
mysql> show variables like '%per_table%';
如果启用了innodb_file_per_talbe参数，需要注意的是每张表的表空间内存放的只是数据、索引和插入缓冲Bitmap页，其他数据如：回滚信息、插入缓冲索引页、系统事物信息、二次写缓冲（Double write buffer）等还是放在原来的共享表空间内。同时说明了一个问题：即使启用了innodb_file_per_table参数共享表空间还是会不断的增加其大小的。
注：动态修改后仅对后续操作生效，如原来为共享表空间，动态修改为独立表空间后仅新建的表为独立表空间。
想要将共享表空间转化为独立表空间有两种方法：
1.先逻辑备份，然后修改配置文件my.cnf中的参数innodb_file_per_table参数为1，重启服务后将逻辑备份导入即可。
2.修改配置文件my.cnf中的参数innodb_file_per_table参数为1，重启服务后将需要修改的所有innodb表都执行一遍：alter table table_name engine=innodb;