二者最大的区别就是MongoDB是非关系型数据库，mySQL是关系型数据库
MongoDB没有表、行、列等等的概念，相对更灵活，限制更少一些。
MongoDB可以更方便的处理流式数据。
MongoDB的索引放在内存中，能够提升随机读写的性能。
MongoDB对数据间的事务关系支持比较弱。
MongoDB自带一个分布式文件系统，可以很方便地部署到服务器机群上。
MongoDB适合存储一些量大表关系较简单的数据。
MySQL是关系型数据库
优势：
在不同的引擎上有不同 的存储方式。
查询语句是使用传统的sql语句，拥有较为成熟的体系，成熟度很高。
开源数据库的份额在不断增加，mysql的份额页在持续增长。
缺点：
在海量数据处理的时候效率会显著变慢。
MongDB适合业务场景：
从目前阿里云MIngDB云数据库上的用户来看，MongDb的应用已经渗透到各个领域，比如游戏，物流，社交，物联网等。以下是实际应用案例。
物流场景：使用MongDb存储订单信息，订单状态在运送过程终会不断更新，以MongDB内嵌数组的的形式存储，一次查询就能将订单的所有变更读取出来。
视频直播:使用MongDb存储用户信息，礼物信息等。