2016年6月28日，Eclipse基金会宣布发布Eclipse Neon，这个版本的IDE支持Java、JavaScript、C/C++、PHP和Fortran等多种编程语言。这一次的发布集成了779个开发者（其中有331人提交了代码）的工作成果，包含了6900万行代码，是这种发布模式下的第十一次发布。
这个版本首次鼓励用户使用Eclipse Installer来做安装，这是一种由Eclipse Oomph提供的新技术，它通过提供一个很小的安装器来使得各种工具可以按需下载和安装。以前的版本都是提供一个大ZIP安装包，因而Eclipse的下载服务器总是负荷很大。现在则是提供许多的可选插件，可以只在需要的时候才下载。很多以前的标准工具包（比如Java开发包和CDT C/C++开发包等）现在都基于安装器做成了可选安装包，这样用户就完全可以只挑选自己需要的标准开发工具，按照自己的需要来组合，定制自己的IDE。
这个版本也发布了一个大家期盼了十三年的功能——编辑器中单词自动换行。默认这个功能是关闭的，但可以在“偏好”菜单里打开，或者通过快捷键“Alt + Shift + Y”。另外通过快捷键“Ctrl + +”和“Ctrl + -”也可以直接调整编辑器中的文本大小，或者直接通过触摸板来调整。
其他的通用平台相关功能包括对高分辨率的显示器的支持，及包含了很多象素很高的图标等。菜单和图标等在高分辨率下自动切换等功能也得到了改进，因而可以更好的支持GTK3。继OSX之后，现在对Windows和Linux也支持了全屏功能。
Java IDE在这个版本中也增加了许多新的功能，如：
- NULL标注检测功能已经扩展，标准Eclipse的@NonNull标注以及其他功能（如FindBugs和Checker框架）都可用于标注空或非空的方法。
- 泛型中的NULL标注方法现在可以做更确切的提示。如果范型的方法类型有@NonNull或@Nullable标注，或者可以通过范型类型推导出这样的属性，那就也会被NULL标注方法采用。
- 现在提供了添加@Nullable标注的快捷方法，而且触发条件可以根据“偏好”菜单中的设置来自定义。
- JUnit测试启动时可以通过-ea选项（enable
assertions）来检测断言失败和JUnit的断言。如果不需要，这个功能也可以在启动配置中禁用。 - JDT中的内容协助项目也进行了改进，允许检索子字符串，或者显示部分匹配结果。
- 终止并启动功能可以让开发者很快的重新运行程序，它可以自动杀死旧的程序进程，然后再次启动它。
- 标准包中已经包含了Maven和Gradle构建功能。
因为Java 9还没有正式确定，所以标准版是不支持Java 9的，但是可以在Beta版中获得相关功能。在Java
9的平台上运行Eclipse需要在JVM的命令行中增加选项“-addmods
java.se.ee”，因为它需要用到诸如javax.annotation.PostConstruct等包，而这些包在默认的java.se模块中是不包含的。
9.0版C / C++开发工具也有了一些变化：
- 当引用了一个不存在的C++类时（比如声明了一个不存在类型的变量），新版工具提供了快速创建新类的方法。这个功能参照了以前JDT中的类似做法。
- 代码自动完成功能会在你写表达式时，根据你已经写完的参数的类型，在作用域内帮你寻找相同类型的其他参数来提示。
- 通过使用一种特殊格式的单行注释可以抑制代码分析警告。
- 操作系统资源视图中现在可以显示本地进程，并可以用来连接远程调试器，方法就是在相应进程上单击鼠标右键并进行连接。连接按钮不再显示在工具栏上，而是可以从弹出菜单中调用，或通过按键。
- 在PHP工具4.0中增加了对PHP
7的支持，包括一组支持异常的新的断点方法，在编辑器中以被注释掉的代码的格式显示失效类或方法，增加代码辅助功能，忽略代码注释中的警告，等等。
JavaScript工具针对ES6（EcmaScript
2015）做了很大改进，包括内嵌JSON编辑器，可以运行支持Node和NPM的调试器等。
Eclipse LinuxTools新包含了Asciidoc编辑器，并可以创建Docker文件。它可以辨认出本地运行的所有Docker实例，并且在Eclipse中产生一个终端，连接到某个Docker实例上。Docker容器可以运行为普通模式或特权模式，甚至可以从远程镜像库中直接下载一个下来。
Eclipse Neon版本也是第一次包含了Andmore项目的内容，它是基于Eclipse的Android开发工具的延续。有了这个，再结合
Android NDK，Android应用程序就可以在Eclipse上面构建了。
现在在Eclipse网站上的“新功能与重要特性”页面上已经可以得到Eclipse
Neon版的所有新功能与重要特性的完整列表。Eclipse Neon的安装程序也可以从Eclipse下载页面上找到，可以选择Eclipse安装器，也可以从预先配置好的包中选一个。