Gromacs制作蛋白质夹层

这里用的是拓扑库中已知的蛋白，所以不用x2top并且除了atom2type.n2t文件了。这里我先将把3j2u的链切成A和B两条，然后人工在packmol中测试其仿真盒子的最小大小，然后就在这个最小的盒子里放一个蛋白，按照13A、13B的方式排列，然后最后进行到NPT平衡。

切链

下载3j2u的pdb，然后用swiss-deep-view切成5条链，分别另存为pdb文件chain_A,chain_B,chain_C,chain_D,chain_K。

用packmol搭建仿真盒子

Ceng.inp内代码如下：

tolerance 2.0
filetype pdb
output Ceng.pdb

structure chain_A.pdb
  number 1
  inside box 0. 0. 0. 55. 55. 55.
end structure

structure chain_B.pdb
  number 1
  inside box 0. 57. 0. 55. 112. 55.
end structure
structure chain_B.pdb
  number 1
  inside box 57. 0. 0. 112. 55. 55.
end structure

structure chain_A.pdb
  number 1
  inside box 57. 57. 0. 112. 112. 55.
end structure









structure sol.pdb
  number 500
  inside box 0. 0. 53. 110. 110. 108.
end structure










structure chain_A.pdb
  number 1
  inside box 0. 0. 110. 55. 55. 165.
end structure

structure chain_B.pdb
  number 1
  inside box 0. 57. 110. 55. 112. 165.
end structure

structure chain_B.pdb
  number 1
  inside box 57. 0. 110. 112. 55. 165.
end structure

structure chain_A.pdb
  number 1
  inside box 57. 57. 110. 112. 112. 165.
end structure

然后运行

packmol < Ceng.inp

得到Ceng.pdb文件，注意这里尽量每个盒子的边界不要重合，不然后面平衡时间多了新旧向量内机会小于0.

这时用vmd打开pdb看一下



这个排的和6dpu很像，可以完成分子层的要求，并且没有独特的residue。

Gromacs生成分子相关拓扑文件

生成gro与top：

gmx pdb2gmx -f Ceng.pdb -o Ceng.gro -p Ceng.top -i Ceng.itp -water spc -ignh

离子平衡

gmx grompp -f ions.mdp -c Ceng.gro -p Ceng.top -o ions.tpr

然后gromacs会告诉你体系的电荷情况

这意味着需要添加124个阳离子来都达到电荷平衡

gmx genion -s ions.tpr -o ions.gro -p Ceng.top -pname NA -np 124

所以添加124个钠离子

能量最小化

将电荷平衡后的体系能量最小化

gmx grompp -f minim.mdp -c ions.gro -p Ceng.top -o em.tpr
gmx mdrun -v -deffnm em

NVT预平衡

将电荷平衡后的体系能量最小化

gmx grompp -f nvt.mdp -c em.gro -r em.gro -p Ceng.top -o nvt.tpr
gmx mdrun -v -deffnm nvt

NPT预平衡

将电荷平衡后的体系能量最小化

gmx grompp -f npt.mdp -c nvt.gro -r nvt.gro -p Ceng.top -o nvt.tpr
gmx mdrun -v -deffnm npt