Graph database_neo4j 底层存储结构分析(5)

2022-07-25 20:52:50

3.5 Property 的存储

下面是neo4j graph db 中，Property数据存储对应的文件：

neostore.propertystore.db

neostore.propertystore.db.arrays

neostore.propertystore.db.arrays.id

neostore.propertystore.db.id

neostore.propertystore.db.index

neostore.propertystore.db.index.id

neostore.propertystore.db.index.keys

neostore.propertystore.db.index.keys.id

neostore.propertystore.db.strings

neostore.propertystore.db.strings.id

neo4j 中, Property 的存储是由 PropertyStore, ArrayPropertyStore, StringPropertyStore 和PropertyKeyTokenStore 4种类型的Store配合来完成的.

类PropertyStore对应的存储文件是neostore.propertystore.db, 相应的用来存储 string/array 类型属性值的文件分别是neostore.propertystore.db.strings (StringPropertyStore) 和 neostore.propertystore.db.arrays(ArrayPropertyStore). 其存储模型示意图如下：

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其中PropertyStore是Property最主要的存储结构，当Property的Key-Value对的Value 是字符串或数组类型并且要求的存储空间比较大，在PropertyStore中保存不了，则会存在StringPropertyStore/ ArrayPropertyStore这样的DynamicStore 中。如果长度超过一个block ，则分block存储，并将其在StringPropertyStore/ ArrayPropertyStore中的第1个block 的 block_id 保存到 PropertyStore类型文件相应record 的PropertyBlock字段中。

PropertyKeyTokenStore和StringPropertyStore 配合用来存储Propery的Key部分。Propery的Key是编码的，key 的 id 保存在 PropertyKeyTokenStore (即 neostore.propertystore.db.index)，key 的字符串名保存在对应的StringPropertyStore类型文件neostore.propertystore.db.index.keys 中。

ArrayPropertyStore的存储格式见< 3.3.2 DynamicStore 类型>，下面分别介绍一下PropertyStore和PropertyKeyTokenStore（PropertyKeyTokenStore）的文件存储格式。

3.5.1   PropertyStore类型的存储格式

neostore.propertystore.db文件存储格式示意图如下，整个文件是有一个 RECORD_SIZE=41 Bytes 的定长数组和一个字符串描述符“PropertyStore v0.A.2”(文件类型描述TYPE_DESCRIPTOR和 neo4j 的 ALL_STORES_VERSION构成)。访问时，可以通过 prop_id 作为数组的下标进行访问。

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下面介绍一下 property record 中每个字段的含义：

  • highByte(1 Byte):第1字节,共分成2部分

/*

* [pppp,nnnn] previous, next high bits

*/

byte modifiers = buffer.get();

    1. 第1~4 bit 表示 next 的高4位；
    2. 第 5~8 bit表示 prev 的高4位
  • prev(4 Bytes) : Node或Relationship 的属性是通过双向链表方式组织的，prev 表示本属性在双向链表中的上一个属性的id。第2~5字节是prev property_id的 低32位. 加上highByte字节的第 5~8 bit作为高4位，构成一个完整的36位property_id。
  • next(4 Bytes) : next 表示本属性在双向链表中的下一个属性的id。第6~9字节是next property_id的 低32位. 加上highByte字节的第 1~4 bit作为高4位，构成一个完整的36位property_id。
  • payload:  payload 由block_header(8 Bytes)加3个property_block(8 Bytes)组成，共计 32 Bytes.  block_header 分成3部分:
    1. key_id(24 bits) : 第1 ~24 bit , property 的key 的 id
    2. type( 4 bits ):   第25 ~28 bit , property 的 value 的类型，支持 string, Interger,Boolean, Float, Long,Double, Byte, Character,Short, array.
    3. payload(36 bits): 第29 ~64 bit, 共计36bit；对于Interger, Boolean, Float, Byte, Character , Short 类型的值，直接保存在payload；对于long，如果36位可以表示，则直接保存在payload，如果不够，则保存到第1个PropertyBlock中；double 类型，保存到第1个PropertyBlock中；对于 array/string ，如果编码后在 block_header及3个PropertyBlock 能保存，则直接保存；否则，保存到ArrayDynamicStore/StringDynamicStore 中， payload 保存其在ArrayDynamicStore中的数组下表。

3.5.2   String 类型属性值的保存过程

下面的代码片段展示了neo4j 中，比较长的 String 类型属性值的保存处理过程，其是如何分成多个 DynamicBlock 来存储的。

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3.5.2.1        encodeValue 函数

encodeValue 函数是 PropertySTore.java 的成员函数, 它实现了不同类型的属性值的编码.

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</pre>
<div>
public void encodeValue( PropertyBlock block, int keyId, Object value )
 
{
 
if ( value instanceof String )
 
{   // Try short string first, i.e. inlined in the property block
 
String string = (String) value;
 
if ( LongerShortString.encode( keyId, string, block, PropertyType.getPayloadSize() ) )
 
{
 
return;
 
}
 
// Fall back to dynamic string store
 
byte[] encodedString = encodeString( string );
 
Collection valueRecords = allocateStringRecords( encodedString );
 
setSingleBlockValue( block, keyId, PropertyType.STRING, first( valueRecords ).getId() );
 
for ( DynamicRecord valueRecord : valueRecords )
 
{
 
valueRecord.setType( PropertyType.STRING.intValue() );
 
block.addValueRecord( valueRecord );
 
}
 
}
 
else if ( value instanceof Integer )
 
{
 
setSingleBlockValue( block, keyId, PropertyType.INT, ((Integer) value).longValue() );
 
}
 
else if ( value instanceof Boolean )
 
{
 
setSingleBlockValue( block, keyId, PropertyType.BOOL, ((Boolean) value ? 1L : 0L) );
 
}
 
else if ( value instanceof Float )
 
{
 
setSingleBlockValue( block, keyId, PropertyType.FLOAT, Float.floatToRawIntBits( (Float) value ) );
 
}
 
else if ( value instanceof Long )
 
{
 
long keyAndType = keyId | (((long) PropertyType.LONG.intValue()) << 24);
 
if ( ShortArray.LONG.getRequiredBits( (Long) value ) <= 35 )
 
{   // We only need one block for this value, special layout compared to, say, an integer
 
block.setSingleBlock( keyAndType | (1L << 28) | ((Long) value << 29) );
 
}
 
else
 
{   // We need two blocks for this value
 
block.setValueBlocks( new long[]{keyAndType, (Long) value} );
 
}
 
}
 
else if ( value instanceof Double )
 
{
 
block.setValueBlocks( new long[]{
 
keyId | (((long) PropertyType.DOUBLE.intValue()) << 24),
 
Double.doubleToRawLongBits( (Double) value )} );
 
}
 
else if ( value instanceof Byte )
 
{
 
setSingleBlockValue( block, keyId, PropertyType.BYTE, ((Byte) value).longValue() );
 
}
 
else if ( value instanceof Character )
 
{
 
setSingleBlockValue( block, keyId, PropertyType.CHAR, (Character) value );
 
}
 
else if ( value instanceof Short )
 
{
 
setSingleBlockValue( block, keyId, PropertyType.SHORT, ((Short) value).longValue() );
 
}
 
else if ( value.getClass().isArray() )
 
{   // Try short array first, i.e. inlined in the property block
 
if ( ShortArray.encode( keyId, value, block, PropertyType.getPayloadSize() ) )
 
{
 
return;
 
}
 
// Fall back to dynamic array store
 
Collection arrayRecords = allocateArrayRecords( value );
 
setSingleBlockValue( block, keyId, PropertyType.ARRAY, first( arrayRecords ).getId() );
 
for ( DynamicRecord valueRecord : arrayRecords )
 
{
 
valueRecord.setType( PropertyType.ARRAY.intValue() );
 
block.addValueRecord( valueRecord );
 
}
 
}
 
else
 
{
 
throw new IllegalArgumentException( "Unknown property type on: " + value + ", " + value.getClass() );
 
}
 
}

3.5.2.2        allocateStringRecords 函数

allocateStringRecords 函数是 PropertySTore.java 的成员函数.

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<div>
private Collection allocateStringRecords( byte[] chars )
 
{
 
return stringPropertyStore.allocateRecordsFromBytes( chars );
 
}

3.5.2.3        allocateRecordsFromBytes 函数

allocateRecordsFromBytes 函数是 AbstractDynamicStore .java 的成员函数.

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<div>
protected Collection allocateRecordsFromBytes( byte src[] )
 
{
 
return allocateRecordsFromBytes( src, Collections.emptyList().iterator(),
 
recordAllocator );
 
}

3.5.2.4        allocateRecordsFromBytes 函数

allocateRecordsFromBytes 函数是 AbstractDynamicStore .java 的成员函数.

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<div>
public static Collection allocateRecordsFromBytes(
 
byte src[], Iterator recordsToUseFirst,
 
DynamicRecordAllocator dynamicRecordAllocator )
 
{
 
assert src != null : "Null src argument";
 
List recordList = new LinkedList<>();
 
DynamicRecord nextRecord = dynamicRecordAllocator.nextUsedRecordOrNew( recordsToUseFirst );
 
int srcOffset = 0;
 
int dataSize = dynamicRecordAllocator.dataSize();
 
do
 
{
 
DynamicRecord record = nextRecord;
 
record.setStartRecord( srcOffset == 0 );
 
if ( src.length - srcOffset > dataSize )
 
{
 
byte data[] = new byte[dataSize];
 
System.arraycopy( src, srcOffset, data, 0, dataSize );
 
record.setData( data );
 
nextRecord = dynamicRecordAllocator.nextUsedRecordOrNew( recordsToUseFirst );
 
record.setNextBlock( nextRecord.getId() );
 
srcOffset += dataSize;
 
}
 
else
 
{
 
byte data[] = new byte[src.length - srcOffset];
 
System.arraycopy( src, srcOffset, data, 0, data.length );
 
record.setData( data );
 
nextRecord = null;
 
record.setNextBlock( Record.NO_NEXT_BLOCK.intValue() );
 
}
 
recordList.add( record );
 
assert !record.isLight();
 
assert record.getData() != null;
 
}
 
while ( nextRecord != null );
 
return recordList;
 
}

3.5.3   ShortArray 类型属性值的保存过程

ShortArray.encode( keyId, value, block, PropertyType.getPayloadSize() ), 它是在 kernel/impl/nioneo/store/ShortArray.java 中实现的，下面是其代码片段。

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public static boolean encode( int keyId, Object array, PropertyBlock target, int payloadSizeInBytes )
 
{
 
/*
 
*  If the array is huge, we don't have to check anything else.
 
*  So do the length check first.
 
*/
 
int arrayLength = Array.getLength( array );
 
if ( arrayLength > 63 )/*because we only use 6 bits for length*/
 
{
 
return false;
 
}
 
ShortArray type = typeOf( array );
 
if ( type == null )
 
{
 
return false;
 
}
 
int requiredBits = type.calculateRequiredBitsForArray( array, arrayLength );
 
if ( !willFit( requiredBits, arrayLength, payloadSizeInBytes ) )
 
{
 
// Too big array
 
return false;
 
}
 
final int numberOfBytes = calculateNumberOfBlocksUsed( arrayLength, requiredBits ) * 8;
 
if ( Bits.requiredLongs( numberOfBytes ) > PropertyType.getPayloadSizeLongs() )
 
{
 
return false;
 
}
 
Bits result = Bits.bits( numberOfBytes );
 
// [][][    ,bbbb][bbll,llll][yyyy,tttt][kkkk,kkkk][kkkk,kkkk][kkkk,kkkk]
 
writeHeader( keyId, type, arrayLength, requiredBits, result );
 
type.writeAll( array, arrayLength, requiredBits, result );
 
target.setValueBlocks( result.getLongs() );
 
return true;
 
}
 
private static void writeHeader( int keyId, ShortArray type, int arrayLength, int requiredBits, Bits result )
 
{
 
result.put( keyId, 24 );
 
result.put( PropertyType.SHORT_ARRAY.intValue(), 4 );
 
result.put( type.type.intValue(), 4 );
 
result.put( arrayLength, 6 );
 
result.put( requiredBits, 6 );
 
}

3.5.4   PropertyKeyTokenStore的文件存储格式

Graph database_neo4j 底层存储结构分析(5)

类PropertyTypeTokenStore对应的存储文件名是neostore.propertystore.db.index，其对应的存储格式如上图所示: 是一个长度为 RECORD_SIZE=9Bytes 的 record 数组和和一个字符串“PropertyIndexStore v0.A.2”(文件类型描述TYPE_DESCRIPTOR和 neo4j 的 ALL_STORES_VERSION构成)。访问时，可以通过 token_id 作为数组的下标进行访问。

record 是由 in_use(1 Byte) ,prop_count(4 Bytes), name_id(4 Bytes)构成。

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