按照官方的文档（https://github.com/supermarin/Alcatraz），先卸载再重新安装即可。步骤如下：

1. 退出Xcode

2.

rm -rf ~/Library/Application\ Support/Developer/Shared/Xcode/Plug-ins/Alcatraz.xcplugin

rm -rf ~/Library/Application\ Support/Alcatraz/

curl -fsSL https://raw.github.com/supermarin/Alcatraz/master/Scripts/install.sh | sh

3. 重新打开XCode，即可看到Window下的包管理器又回来了。