用Sybyl对3个天然产物库处理
•包括简单的去重复分子和3D构象生成(没有对Bad group进行去除)
•1、 Chemdiv 得到8124个分子,重复分子2510个分子
•2、 Zinc得到96991个分子,重复分子70513个分子
•3、 J&K得到84712个分子,重复分子8788个分子
•将3个库合并得到189827个分子,去重后得到144564个分子
由于表单过大,导致SYBYL对接过程中断及无法打开等情况,采取将数据库拆分及其他的方法重新进行操作;
用Sybyl进行二次处理144564个化合物,根据1 、 2 、3 三个不同方法
1、Fliter by undersirable substructures
2、Fliter by Standard Lipinski Rules
3、Fliter using PAINS
总结:
1、 Fliter by undersirable substructures
2、 Fliter by Standard Lipinski Rules
3、 Fliter using PAINS
1、 144564 = 67873 + 76691
2、 144564 = 100097 + 44467
3、 144564 = 129674 + 14890
12、 144564 = 45322 + 99242
23、 144564 = 91554 + 53010
123、144564 = 80181 + 64383
其中1包含3
Fliter by undersirable Substructures 包含右图的表单, 共38类结构