Fatal error:No line with moleculetype ‘SOL‘ found the [molecules] section of the file ‘topol.top‘

在利用gromacs进行动力学模拟过程中,添加离子时出现报错信息:
Fatal error:No line with moleculetype ‘SOL’ found the [molecules] section of the file ‘topol.top’

而检查文件时发现topol.top正常。
此时原因可能是由于拓扑文件在windows系统下处理过,行尾标记有问题。

解决方案:用dos2unix工具处理一下拓扑文件。

转化之后便可运行成功。

参考资料:
dos2unix命令的使用:https://www.cnblogs.com/luo*/p/3387542.html

GMX中常见小错误汇总:https://www.jianshu.com/p/33660ecf4e29?utm_campaign=maleskine&utm_content=note&utm_medium=seo_notes&utm_source=recommendation

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