1. Reads

高通量测序所产生的序列

2. Contig

拼接软件基于reads间的重叠区，拼接而得到的序列，contig也叫重叠群。

3. Scaffold

基因组de novo 测序，通过reads拼接得到contigs,再构建454-paired-end 库或illumina mate-pair库，以获得一定大小片段两端的序列。基于这些序列进而确定contigs之间的顺序关系，我们把contigs顺序明确的组成称为scaffold.

高通量测序的三个基本概念