使用QTLtools计算QTL时报错:gsl: simplex2.c:372: ERROR: non-finite function value encountered

跑以下命令时报错:
QTLtools cis --vcf file.vcf.gz --bed file.bed.gz --cov covariate.txt --permute 10000 --grp-best --window 100000 --out permutations.txt

其中,纳入的协变量有5个表型PC,5个基因型PC,性别,年龄,群体;

经测试,去掉群体的协变量以后,就可以正常工作了。

加上--exclude-covariates file.exc参数即可去掉协变量:

QTLtools cis --vcf file.vcf.gz --bed file.bed.gz --cov covariate.txt --permute 10000 --grp-best --window 100000 --out permutations.txt --exclude-covariates file.exc

file.exc文件如下所示(RACE 表示群体):

使用QTLtools计算QTL时报错:gsl: simplex2.c:372: ERROR: non-finite function value encountered

如果是去掉SEX,AGE,RACE协变量,则file.exc文件改为如下所示:

使用QTLtools计算QTL时报错:gsl: simplex2.c:372: ERROR: non-finite function value encountered

使用QTLtools计算QTL时报错:gsl: simplex2.c:372: ERROR: non-finite function value encountered

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