functional genomics | epigenomic annotations

刚入行的总是一头雾水，对这些表观的标记一点兴趣都没有，种类繁多，总是记不住，这里我就做一个常识性的总结，不搞太多术语。

需要了解的也不多，常见的就那么几个，搞懂ENCODE和ROADMAP上有的就行。细节颇多，需要一点耐心。

各种类型的数据可以直接在这个genome browser里浏览：http://genomebrowser.wustl.edu/

 

Enhancer

TFBSs

DHSs

H3K4me3

H3K9ac

H3K27ac

H3K4me1

 

主要是ChIP-seq占了很大一类，把它搞懂就行。

 

待续~

 

---

 

快速使用epigenomic annotations data：

有个叫做baseline_v1.1的文件，里面包含了各种整理好的表观注释数据。

https://data.broadinstitute.org/alkesgroup/LDSCORE/baseline_v1.1_bedfiles.tgz

~/project2/CPloci/Evo/ENCODE/

　　

包含的数据类型：

• Coding
• Intron
• Transcribe
• Conserved
• DGF
• DHS
• H3K9ac
• H3K27ac
• H3K4me1
• H3K4me3
• CTCF
• TFBS
• TSS
• Promoter
• Enhancer
• SuperEnhancer
• WeakEnhancer
• Repressed
• UTR_5
• UTR_3

算是种类非常多了，如果对精度没有要求，就可以直接用了，全部是bed格式的。