根据开发所处的层次以及开发工具的不同，可以将嵌入式系统开发分为系统开发和应用开发。
系统开发所涉及的内容包括三个方面：系统定制，驱动程序开发，操作系统一致（BSP开发）。
一系统开发
（1） 系统定制
首先是按照bsp（即导入cec文件），bsp可以是pb自带，也可是从oem硬件厂商获得，当然用户也可以自己开发，但是难度较高且工作量较大，比较耗时。其次，定制操作系统，即生成系统镜像NK.bin文件，将该镜像下载并调试，包括仿真和目标板两种运行环境。
（2） 驱动程序开发
普通操作系统的驱动模型包含两种模式：一是静态链接，驱动程序编写成*.lib文件并与操作系统内核链接，形成一个整体，对操作系统一起启动加载；二是动态链接，操作系统在启动后对硬件驱动延迟加载，但是依然加载到操作系统的内核空间中。
（3） 操作系统的移植（bsp开发）
Bsp是介于主板硬件和操作系统之间的一层软件系统，开发bsp的内容主要包括：bootloader开发和OAL开发。
二应用开发
（1）api的选择
Windows ce.net为应用程序开发人员提供了三种api 的选择：win32应用程序编程接口（Win32 API），微软基础类（MFC）和活动模板库（ATL），NET Framework精简版（.NET CF）。
对于开发工具，开发人员可以选择Embedded VC++或者Visual Studio等。下面就三种api做下介绍。
Win32：可以生成最小的和最快的*.exe文件和*.dll文件；最低的内存负载；常用于驱动程序，控制模板applets以及shell扩展；没有运行似的要求。
MFC：基于面向对象的思想：继承性，封装性和多态性；累的支持；类型定义的安全性；可以实现完整的MFC/ATL源代码移植；良好的工具支持。
.NET Framework：设计良好的编程接口；同样基于面向对象的思想：继承性，封装性，多态性；类的支持：数组，列表，hash表，字典，堆栈；类型定义的安全性；支持命名空间；内存的自动回收；webservice支持；对xml处理的良好支持；良好的工具支持。
（2）开发工具
主要开发工具有两大类：platform builder和windows ce ApplicationFrameworks。