使用
grep -iR Indexes /etc/apache2
搜索得到含有Indexes配置的文件，主要有default，default.ssl，sites-enabled下的000-default等文件。看来default文件应该就是配置显示目录与否的文件，打开后发现格式是：
<VirtualHost *.80>
....
</VirtualHost>
这部是虚拟主机吗？犹豫了一下，把<Directory /var/www/>中Options里的Indexes去掉，重启apache2，还真的可以了。
具体为什么且先不管。