JELLYFISH - Fast, Parallel k-mer Counting for DNA

2021-07-25 21:26:38

kmer分析其实是非常耗费计算资源的，如果我们自己写脚本来分析kmer的话，首先要将所有的序列打断成一定长度的kmer，然后将所有的kmer存储起来，最后统计每个kmer出现的频率，或者统计出现指定次数的kmer一共有多少个。

为了节省资源，我们可以使用 Jellyfish 这个现成的软件来分析。