galaxy circos(四)ENCODE Nature Cover

这一篇范例呢,比较简单,直接来看circos plot这条记录。

一.Karyotype

选择的是2号文件,一共24条染色体:

galaxy circos(四)ENCODE Nature Cover

 

 

 2D Data Tracks,Link Tracks,Ideogram,ticks都没有设置,在General板块,将图片的背景色设置为黑色。

 

二.重点就是Hightlights板块

设置了7圈Hightlights:

半径:

1. 0.98,0.92

2. 0.91,0.85

3. 0.84,0.78

4. 0.77,0.71

5. 0.7,0.64

6. 0.63,0.57

7. 0.56,0.5

选择的文件都是1号Hightlights文件:

galaxy circos(四)ENCODE Nature Cover

 

 

 设置规则如下(除了第一条hightlights不设置rules,其他都设置三条rules):

 galaxy circos(四)ENCODE Nature Cover

 

 

 galaxy circos(四)ENCODE Nature Cover

 

 

 galaxy circos(四)ENCODE Nature Cover

 

 

 三条rules都随机选择1号文件的条目,bins的百分比由外圈到内圈逐渐加大(0.08,0.15,0.23,0.3,0.38,0.45)

注意的是此处都要选择”Continue flow“这个选项(因为是随机选的,防止后面rule的覆盖前面的设定)

最后出图:

galaxy circos(四)ENCODE Nature Cover

 

 

 

 

 

 

 

 

galaxy circos(四)ENCODE Nature Cover

 

galaxy circos(四)ENCODE Nature Cover

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