这一篇范例呢,比较简单,直接来看circos plot这条记录。
一.Karyotype
选择的是2号文件,一共24条染色体:
2D Data Tracks,Link Tracks,Ideogram,ticks都没有设置,在General板块,将图片的背景色设置为黑色。
二.重点就是Hightlights板块。
设置了7圈Hightlights:
半径:
1. 0.98,0.92
2. 0.91,0.85
3. 0.84,0.78
4. 0.77,0.71
5. 0.7,0.64
6. 0.63,0.57
7. 0.56,0.5
选择的文件都是1号Hightlights文件:
设置规则如下(除了第一条hightlights不设置rules,其他都设置三条rules):
三条rules都随机选择1号文件的条目,bins的百分比由外圈到内圈逐渐加大(0.08,0.15,0.23,0.3,0.38,0.45)
注意的是此处都要选择”Continue flow“这个选项(因为是随机选的,防止后面rule的覆盖前面的设定)
最后出图: