分子动力学模拟是一种研究分子体系结构与性质的重要方法，已被广泛用于化学化工、生物医药、材料科学与工程等学科领域。计算机模拟的方法省时省力，可以用来求解解析理论无法求解的问题，模拟实验做起来困难或不可能做的条件，得到更贴近实际体系的结果。

LAMMPS由美国Sandia国家实验室开发，以GPL许可证发布，即开放源并且可以免费获取使用，这意味着用户可以根据自己的需要自行修改源代码 。LAMMPS分子动力学程序是一款开源而免费的软件，常用于模拟液体中的粒子，固体和汽体的系综，也可以采用不同的力场和边界条件来模拟全原子，聚合物，生物，金属，粒状和粗料化体系，并提供支持多种势函数。且LAMMPS有良好的并行扩展性。

一般来说，分子动力学所涉及到的领域， LAMMPS代码也都涉及到了。

学习lammps，我觉得有几点需要注意：

在不确定你要做的东西lammps能不能做的时候，可以百度学术搜一下，看有没有相关文章，有的话可以搜一下问问作者。

系统方面，如果长期做计算，建议在Linux系统上进行

要多读手册，一定得多读手册

熟悉Linux命令，不熟悉可以看Linux命令手册，网上都有，但是重点命令，得知道是做什么的，了解命令的含义。

不会的多问问题， 能得到答案的问问题方式：
先要把你遇到的问题描述清楚，什么样的错误提示，你in文件命令是怎么设置的？为什么这样设置？你的模拟目标是什么？

有了这些信息，别人才可能帮你分析原因，提供解决方案。

当然了，新手学习lammps一定要多读手册，多读手册，多读手册！

想系统学习lammps请看：

“LAMMPS分子动力学模拟技术与应用”

第一天 上午MD基础知识

1 分子动力学模拟入门理论——掌握LAMMPS的in文件中实现这些功能的命令
1.1 系综理论
1.2 主要算法介绍
1.3 单位制
1.4 积分步长的选取
1.5 温度和压力控制
1.6 周期性边界条件
1.7 力场简介
1.8 分子动力学模拟流程第一天 

下午  LAMMPS基础入门

2 LAMMPS的基础入门——初识LAMMPS是什么？能干什么？怎么用？
2.1 LAMMPS在win10和ubuntu系统的安装及使用
2.2 in文件结构格式
2.3 in文件基本语法
2.4 data文件格式
2.5 LAMMPS常见错误解决途径: 
实例操作：运行并理解跟自己科研方向相近的例子。

第二天 上午LAMMPS进阶（石墨烯、金属材料模拟专题）

3 LAMMPS进阶实例操作——理解物理模型与分子动力学模型之间的关系: 
实例操作： 
3.1 把剪切模型转换成拉伸模型
3.2 lattice命令石墨烯、金属、合金、高熵合金不同形状模型
3.3 石墨烯(不同力场)、金属、合金、高熵合金等拉伸剪切力学性质模拟

第二天 下午LAMMPS进阶（纳米流体模拟专题）

4 LAMMPS进阶实例操作，理解模拟对象的物理意义——从简单例子走向文献模型，举一反三提高学习效率: 
实例操作： 
4.1 把二维couette和poiseuille流动扩展成三维模型
4.2 建立三维管道内的poiseuille流动
4.3 进行石墨烯通道内的Couette流动和Poiseuille流动模拟
4.4 调节通道表面电荷性质、亲疏水性质，分析其对流动性质的影响
4.5 学习使用packmol，建立复杂混合溶液体系模型
4.6 模拟KCl等盐溶液的纳米流体流动

第三天 上午LAMMPS进阶（多成分体系模拟专题）

5 LAMMPS进阶实例操作，理解模拟对象的物理意义——从简单例子走向文献模型，举一反三提高学习效率:
实例操作： 
5.1 金属、合金、高熵合金的摩擦模拟
5.2 材料切削模拟
5.3 夹层结构(graphene/C60/graphene)在不同粗糙度条件下的摩擦模拟复现

第三天 下午LAMMPS进阶（有机分子粗粒化模拟）

6 基于MARTINI力场的DPPC分子膜的自组装模拟
实例操作
6.1 掌握moltemplate建立粗粒化分子模型及力场设置的应用
6.2 学会使用packmol构建复杂模拟体系模型6.3 理解掌握自组装模拟过程及后处理

第四天 上午有机物无机物混合体系模拟专题（CVFF力场)

7 环氧树脂在二氧化硅表面吸附吸能的影响
实例操作
7.1 建立模拟体系的初始模型
7.2 运行能量最小化
7.3 压缩盒子达到指定的密度（针对不同研究体系掌握压缩方法的不同，并掌握判断方法和依据）
7.4 模拟步骤：包括能量最小化-NVT平衡-NPT平衡-对研究目标的性质进行长时间轨迹平衡-输出研究所关心的性质。
7.5 查看动态轨迹和特殊帧的图片显示(采用VMD软件做出漂亮的图片和视频，学会用tcl脚本控制输出)
7.6 数据分析

第四天 下午核材料辐照模拟专题

8 离子辐照对石墨烯、金属、碳化硅的离位损伤模拟
实例操作 
8.1 建立模拟体系的初始模型
8.2 PKA动能、位移随时间变化
8.3 点缺陷结构可视化
8.4 点缺陷的数量随时间变化
8.5 点缺陷的空间分布及演化过程备选内容，根据课堂进度和学员掌握情况决定VMD、OVITO、msi2lmp等有机小分子建模，模型合并及模拟的轨迹文件处理等

联系人：科宇老师 电话/微信:13520456594  qq:1440684643

详情查阅文档链接：https://docs.qq.com/pdf/DREp3SGxtZEZka0p3

 

https://mp.weixin.qq.com/s/pe5TC7EdVgEYuyy9PVtXyA