首先apk不能被代码混淆(或未经编译优化)，如果混淆了，反编译出来的代号还是看不懂，
当然，在你没反编译出来之前，你也不知道有没有混淆。
网上各种反编译工具，眼花缭乱，本文是个人对这些工作做的一个简单的梳理。
最靠谱也是最原始的方法就是用下面的三个工具：apktool + dex2jar + jd-gui
其他的工具大部分都是衍生自这三个工具，或者说对这三个工具的包装。
apktool
It is a tool for reverse engineering 3rd party, closed, binary Android apps. It can decode resources to nearly original form
and rebuild them after making some modifications; it makes possible to debug smali code step by step.
Also it makes working with app easier because of project-like files structure
and automation of some repetitive tasks like building apk, etc.
反编译apk，输出资源文件和源码的smali文件：
用法：D:\apktool.bat F:\workspace\tmp\test.apk F:workspace\tmp\out
dex2jar
http://code.google.com/p/dex2jar/ //官方功能介绍
dex2jar contains following compment
- dex-reader is designed to read the Dalvik Executable (.dex/.odex) format. It has a light weight API similar with ASM. An example here
- dex-translator is designed to do the convert job. It reads the dex instruction to dex-ir format, after some optimize, convert to ASM format.
- dex-ir used by dex-translator, is designed to represent the dex instruction
- dex-tools tools to work with .class files. here are examples:
- d2j-smali
[To be published]disassemble dex to smali files and assemble dex from smali files. different implementation to smali/baksmali, same syntax, but we support escape in type desc "Lcom/dex2jar\t\u1234;" - dex-writer
[To be published]write dex same way as dex-reader.
到官网下载最新的版本，直接反编译apk，apk文件名不能包含中文名称，新版本的aex2jar不用把apk换成zip解压了，直接反编译：
生产jar，然后用jd打开这个文件，在jd中可以查看代码，也可以导出为java文件
使用 dex2jar 来生成 .jar 文件. dex2jar会在someApk.apk所在目录下生成一个someApk_dex2jar.jar文件.
用法：
linux sh /home/dex2jar-version/dex2jar.sh /home/someApk.apk
windows C:\dex2jar-version\dex2jar.bat someApk.apk
注意：dex2jar只能生成jar文件，无法生成资源文件
Levin:apktool和dex2jar都能生成smali代码，两者有何异同？个人认为，两者都是将.dex文件即DalvikExecutable文件
反编译成smali代码，不同的是，apktool输出的是一个一个.smali代码文件，这种单个的.smali代码文件，
jd-gui打不开(我还没找到什么工具能打开)，而dex2jar生成的为打包成*.jar格式的smali源码包，
这种jar格式的smali源码包，可以通过jd-gui转换为java代码。
jd-gui
http://jd.benow.ca///官方功能介绍、官方下载
Java Decompiler graphical UI
JD-GUI is a standalone graphical utility that displays Java source codes of “.class” files.
You can browse the reconstructed source code with the JD-GUI for instant access to methods and fields.
前文说过，其他的工具大部分都是衍生自这三个工具，或者说对这三个工具的包装，你可以看到其安装目录下有apktool等工具
下面对这些工具做个罗列，和本人的使用心得：
APKMultiTool：国外团队开发，Console交互界面，用来反编译apk，修改，并重新签名打包。只能反编译出资源文件，不能反编译出java代码
ApkDec： android开发社区www.juapk.com开发，图形界面，可以反编译出资源文件盒smali的jar包，
ApkDec： android开发社区www.juapk.com开发，图形界面，可以反编译出资源文件盒smali的jar包，
目前只有ApkDec-Release-0.1，win32版本，无法在64为机器上运行。找官方团队索要，无果。
Dodo APKTools：国产，只能反编译出一个一个的smali文件
Smali2Java：国产，这款反编译软件比较牛逼，能过将smali文件高保真还原成java文件。比jd-gui更上一层楼
http://www.hensence.com/cn/smali2java/ //官方功能介绍、官方下载
smali2java是一个将smali代码反编译成java代码的工具。
什么是smali？smali是将Android字节码用可阅读的字符串形式表现出来的一种语言，可以称之为Android字节码的反汇编语言。使用baksmali或apktool可以将Android应用程序包（apk或jar）反编译为smali代码。
Levin：jd-gui可以反编译smali代码，说明smali代码，类似于.class代码。
smali2java的反编译过程是：dex字节码-->smali代码-->java代码
smali2java工具基于apktool v1.5.0（baksmali v1.3.4）生成的smali文件，依赖于smali文件中的代码行数（.line关键字）和变量别名（.local关键字）等信息，可以最大程度还原原始的java代码。还原出的java代码将具有原始的变量命名，代码的顺序也与原始的java代码保持一致。因此，本工具也具有局限性，仅适用于带有行数和变量别名信息的smali文件（java编译器的编译选项可以在生成的字节码中剔除这些信息）。
什么是smali？smali是将Android字节码用可阅读的字符串形式表现出来的一种语言，可以称之为Android字节码的反汇编语言。使用baksmali或apktool可以将Android应用程序包（apk或jar）反编译为smali代码。
Levin：jd-gui可以反编译smali代码，说明smali代码，类似于.class代码。
smali2java的反编译过程是：dex字节码-->smali代码-->java代码
smali2java工具基于apktool v1.5.0（baksmali v1.3.4）生成的smali文件，依赖于smali文件中的代码行数（.line关键字）和变量别名（.local关键字）等信息，可以最大程度还原原始的java代码。还原出的java代码将具有原始的变量命名，代码的顺序也与原始的java代码保持一致。因此，本工具也具有局限性，仅适用于带有行数和变量别名信息的smali文件（java编译器的编译选项可以在生成的字节码中剔除这些信息）。
总结：如果你即想反编译出资源，又想反编译出java源码，本人推荐如下最优方式(省时省力,效果好)：
step1：使用apktool，反编译出所有的资源文件
step2：使用Smali2Java反编译出高保真的java代码