目前计算生物学领域的研究主要集中在蛋白质行为的模拟、药物分子的筛选、基因测序等方面。高性能计算在这些领域成功应用所取得的成果也是有目共睹的。北鲲云超算作为将云计算应用于生命科学领域的实践者，在药物筛选，及基因组解析方面的成功应用也得到了业内的广泛认可。利用高性能计算进行虚拟药物筛选目前已经成为西药新药开发的一条崭新和重要的途径，但对于中医药的研究却始终没有很大的进展。
尽管云计算能够取代大部分高性能计算的功能，而且云计算为药物研发提供基础算力是一个备受业内人士看好的方向，但在中医药领域的应用却还是很初级的阶段。其原因在于，新药研发的核心工作之一是从大量的化合物样品库中发现有药理活性的化合物，计算机虚拟筛选辅助新药开发是利用统计学和分子模型化技术来指导新的先导结构的发现或设计，而中医药领域的数据挖掘和大数据分析主要集中在对方剂配无规律、中医证治规律等的研究，现有的研究水平还不能构成对高性能计算的迫切需求。
但可以预见的是，中药是天然的多靶点药物，蕴含着巨大的新药创制的潜力。应用云计算开展中药新药的虚拟药物筛选有可能成为中药新药开发的崭新途径。而另一个重要的理论依据在于随着基因组排序的不断完善、基因组学研究的深入、技术的成熟和以及北鲲云超算平台的加入使得计算成本的大幅度下降，使得基因组学的研究逐渐由人类的基因组学扩展到动物、植物等多个相近领域。利用云计算在基因组学方面成熟的应用软件开展中药植物药的基因组学研究未来有可能是云计算在中医药领域的重要应用。
目前，云计算在中医药领域的应用目前还处于探索阶段，尚不具备大规模应用的条件和基础。未来，北鲲云超算平台有可能通过借鉴计算生物学的研究方法在中药植物药的基因组学、中药新药的虚拟药物筛选、中医药数据挖掘和大数据分析、模拟与仿真等领域进行开创性的应用研究。北鲲云超算平台在中医药领域的应用将会对中医药科研方法的创新与发展产生深刻的影响。