需求描述：
从大量相同格式的源文件中筛选出符合同一个条件的数据，整合到一张工作表中。
具体源文件格式包括.csv，.txt，拥有相同的前缀名。
如下所示，.txt源文件中的目标数据包含非数字元素，.csv的同类数据存放在单元格中，因此需要判断数据类型：
python脚本实现方式：
判断非数字函数：
1 def is_number(s): 2 try: 3 float(s) 4 return True 5 except ValueError: 6 pass 7 8 try: 9 import unicodedata 10 unicodedata.numeric(s) 11 return True 12 except (TypeError, ValueError): 13 pass 14 15 return False
遍历目标路径文件列表，对文件后缀正则分类：
1 from pathlib import Path 2 folder_path=r'D:\visual studio\Code\test' 3 path=Path(folder_path) 4 txt_file_list = [os.path.join(folder_path, file) for file in os.listdir(folder_path) ]
对于单一文件类型列表可以在listdir后加endswith限制条件：
1 txt_file_list = [os.path.join(folder_path, file) for file in os.listdir(folder_path) if os.path.join(folder_path, file).endswith('.*')]
对txt_file_list中的对象进行遍历，并提取后缀：
1 OriginName=os.path.split(txt_file)[1]
2 TransName=OriginName.split('.')
3 L_Trans=len(TransName)
4 TypeName=TransName[L_Trans-1]
5 print(OriginName)
6 print(TypeName)
7
8 work_book=xlwt.Workbook(encoding='utf-8') #统一编码方式，否则后续可能无法识别
9 sheet=work_book.add_sheet('temp_'+TransName[0]) #临时sheet命名
对.txt和.csv分别进行处理，统一生成temp_name.csv临时文件：
1 if TypeName=='txt':
2 workbook=xlwt.Workbook()
3 sheet1=workbook.add_sheet('name_'+TransName[0],cell_overwrite_ok=True)
4 row0=[u"Gene.refGene",u"gnomAD_genome_ALL"] #筛选目标列
5 for i in range(0,len(row0)):
6 sheet1.write(0,i,row0[i])
7
8 index=1
9 f=open(txt_file)
10 for line in f:
11 data=line.strip('\n').split('\t')
12 sheet1.write(index,0,data[6])
13 sheet1.write(index,1,data[38])
14 index=index+1
15 csv_file_name=TransName[0]+'.csv'
16 workbook.save(path.joinpath(csv_file_name))
17 sheet=pd.read_excel(path.joinpath(csv_file_name),sheet_name=0)
18 os.remove(os.path.join(path,csv_file_name))
19 elif TypeName=='csv':
20 sheet=pd.read_excel(path.joinpath(OriginName),sheet_name=0)
21 else:
22 ... # continue
继续使用loc函数和lambda表达式进一步按条件筛选出DataFrame：
1 DataFrame1 = sheet.copy() 2 DataFrame1 = DataFrame1[['Gene.refGene', 'gnomAD_genome_ALL']] 3 DataFrame1=DataFrame1.loc[DataFrame1['gnomAD_genome_ALL'].apply(lambda x:is_number(x))] 4 DataFrame1=DataFrame1.loc[DataFrame1['gnomAD_genome_ALL'].apply(lambda x:0<=float(x)<=0.05)] 5 DataTemp=DataFrame1.reset_index(drop=True) #忽略表头，重置索引 6 # os.remove(os.path.join(path,csv_file_name)) #删除临时文件
进行一些后续的频数统计之后使用concat或merge聚合DataFrame：
1 DataTemp=pd.concat([GenNameRes,freq],axis=1,join_axes=[freq.index]) 2 Res=pd.concat([Res,DataTemp],axis=1, join='outer')
数据拼接方法详见：
python数据拼接: pd.concat - boobo - 博客园 (cnblogs.com)
最后生成结果表格：
1 Res.to_excel(path.joinpath('result.xlsx'),index=False,encoding='utf-8')
完整代码：
1 import xlwt
2 import csv
3 import os
4 import pandas as pd
5 from pandas.core.frame import DataFrame
6 import numpy as np
7 from pathlib import Path
8
9 def is_number(s):
10 try:
11 float(s)
12 return True
13 except ValueError:
14 pass
15
16 try:
17 import unicodedata
18 unicodedata.numeric(s)
19 return True
20 except (TypeError, ValueError):
21 pass
22
23 return False
24
25 Res=DataFrame([])
26
27 folder_path=r'D:\visual studio\Code\test'
28 path=Path(folder_path)
29 txt_file_list = [os.path.join(folder_path, file) for file in os.listdir(folder_path) ]
30
31 for txt_file in txt_file_list:
32 OriginName=os.path.split(txt_file)[1]
33 TransName=OriginName.split('.')
34 L_Trans=len(TransName)
35 TypeName=TransName[L_Trans-1]
36 print(OriginName)
37 print(TypeName)
38
39 work_book=xlwt.Workbook(encoding='utf-8')
40 sheet=work_book.add_sheet('temp_'+TransName[0])
41
42 if TypeName=='txt':
43 workbook=xlwt.Workbook()
44 sheet1=workbook.add_sheet('name_'+TransName[0],cell_overwrite_ok=True)
45 row0=[u"Gene.refGene",u"gnomAD_genome_ALL"]
46 for i in range(0,len(row0)):
47 sheet1.write(0,i,row0[i])
48
49 index=1
50 f=open(txt_file)
51 for line in f:
52 data=line.strip('\n').split('\t')
53 sheet1.write(index,0,data[6])
54 sheet1.write(index,1,data[38])
55 index=index+1
56 csv_file_name=TransName[0]+'.csv'
57 workbook.save(path.joinpath(csv_file_name))
58 sheet=pd.read_excel(path.joinpath(csv_file_name),sheet_name=0)
59 os.remove(os.path.join(path,csv_file_name))
60 elif TypeName=='csv':
61 sheet=pd.read_excel(path.joinpath(OriginName),sheet_name=0)
62 else:
63 continue
64
65 DataFrame1 = sheet.copy()
66 DataFrame1 = DataFrame1[['Gene.refGene', 'gnomAD_genome_ALL']]
67 DataFrame1=DataFrame1.loc[DataFrame1['gnomAD_genome_ALL'].apply(lambda x:is_number(x))]
68 DataFrame1=DataFrame1.loc[DataFrame1['gnomAD_genome_ALL'].apply(lambda x:0<=float(x)<=0.05)]
69 DataTemp=DataFrame1.reset_index(drop=True)
70 # os.remove(os.path.join(path,csv_file_name))
71
72 freq=[]
73 GenNameRes=[]
74 colName=DataFrame1['Gene.refGene']
75 colName=colName.reset_index(drop=True)
76
77 dict={}
78 for key in colName:
79 dict[key]=dict.get(key, 0)+1
80
81 for key in colName:
82 if key not in GenNameRes:
83 GenNameRes.append(key)
84 freq.append(str(dict[key]))
85 else:
86 continue
87
88 GenNameRes=DataFrame(GenNameRes)
89 freq=DataFrame(freq)
90 GenNameRes.columns=["Gene.refGene_"+TransName[0]]
91 freq.columns=["Frequency_"+TransName[0]]
92
93 DataTemp=pd.concat([GenNameRes,freq],axis=1,join_axes=[freq.index])
94 Res=pd.concat([Res,DataTemp],axis=1, join='outer')
95 Res.to_excel(path.joinpath('result.xlsx'),index=False,encoding='utf-8')
96 Res
View Code
C++实现：
#include <iostream>
#include <string>
#include <fstream>
#include <sstream>
#include <iomanip>
#include <vector>
#include <cstring>
#include <algorithm>
#include <unordered_map>
using namespace std;
struct GeneData{
string GeneRef;
float gnom[8];
int Times;
};
struct Testgen{
int gen1;
int gen2;
string genref;
};
int main(){
ofstream outfile;
for(int i=1;i<=3;i++){
string path="./Test";
path+=('0'+i);
path+=".csv";
cout<<path<<endl;
//string path="./Test.csv";
ifstream ifs;
ifs.open(path,ios::in);
if(!ifs.is_open()){
cout<<"open failed";
system("pause");
}
string line;
vector<GeneData>GenVec;//1
vector<Testgen>TestgenVec;//2
vector<string>Vstr;
unordered_map<string,int>M;
int CNT=1;
getline(ifs,line);
while(getline(ifs,line)){
if(CNT==1){
CNT++;
continue;
}
//cout<<line<<endl;
stringstream ss(line);
string str;
GeneData Gen;
Testgen TestGen;
bool flag=true;
int cnt=1;
// while(cnt<=190){
// getline(ss,str,',');
// if(cnt==7){
// Gen.GeneRef=stod(str);
// }
// if(cnt<=46 || cnt>=39){
// Gen.gnom[cnt-39]=stof(str);
// if(stof(str)>0.05){
// flag=false;
// }
// }
// cnt++;
// }
// if(flag==true){
// GenVec.push_back(Gen);
// }
while(cnt<=4){
getline(ss,str,','); //.txt文件为getline(ss,str,' ')
if(cnt==2){
TestGen.gen1=stoi(str);
if(TestGen.gen1<0)flag=false;
}
if(cnt==3){
TestGen.gen2=stoi(str);
if(TestGen.gen2<0)flag=false;
}
if(cnt==4)TestGen.genref=str;
cnt++;
}
if(flag==true){
TestgenVec.push_back(TestGen);
}
CNT++;
}
for(auto x:TestgenVec){
M[x.genref]++;
}
string res_path="./Res";
res_path+=('0'+i);
res_path+=".csv";
cout<<res_path<<endl;
if(i==1){
outfile.open("./Res.csv",ios::out);
}
outfile<<"chart"<<i<<endl;
outfile<<"genref"<<','<<"Frequency"<<endl;//<<"gen1"<<','<<"gen2"<<','
for(auto x:TestgenVec){
outfile<<x.genref<<','<<M[x.genref]<<endl;
}//<<x.gen1<<','<<x.gen2<<','
// for(auto x:Vstr){
// outfile<<x<<endl;
// cout<<x<<endl;
// }
if(i==3){
outfile.close();
}
}
//ifstream infile("./Test.csv",ios::in);
// for(auto x:GenVec){
// x.Times=M[x.GeneRef];
// cout<<x.Times<<endl;
// }
system("pause");
return 0;
}
非注释代码为测试代码，测试用csv文件仅使用简化数据类型：
运行结果为：
C++实现方法有待优化文件编码方式；
其他实现方式请参考：
C++实现读取CSV文件数据将进行计算。_Liuxm-CSDN博客_c++读取csv文件
【C++】读取 .csv / .xlsx 文件中的指定数据(非常实用)_小朋友-CSDN博客_c++读取csv文件的某一列数据