给apk签名一共要用到3个工具（3个命令），分别是：keytool、jarsigner和zipalign
1）keytool：生成数字证书，即密钥，也就是上面说到的扩展名为.keystore的那类文件；
2）jarsigner：使用数字证书给apk文件签名；
3）zipalign：对签名后的apk进行优化，提高与Android系统交互的效率(Android SDK1.6版本开始包含此工具)
通常你开发的所有应用程序，都是使用同样的签名，即使用同一个数字证书。如果你是第一次做Android应用程序签名，上面的3个工具都将用到； 但如果你已经有数字证书了，以后再给其它apk签名时，只需要用到jarsigner和zipalign就可以完成。另外，keytool和 jarsigner两个工具是jdk自带的，也就意味着生成数字证书和文件签名不是Android的专利；另外从字面上理解jarsigner也能猜得出 该工具主要是用来给jar文件签名的。
3个工具默认所在的路径：
1）keytool：该工具位于jdk安装路径的bin目录下；
2）jarsigner：该工具位于jdk安装路径的bin目录下；
3）zipalign：该工具位于Android-sdk-windows/tools/目录下
2.生成未经签名的apk文件
打开Eclipse，在Android工程名称上点击右键，依次选择“Android Tools” - “Export Unsigned Application Package …”，然后选择一个存储位置保存即可。这样就得到了一个未经签名的apk文件。
- 使
用keytool工具生成数字证书
keytool -genkey -v -keystore liufeng.keystore -alias liufeng.keystore -keyalg RSA -validity 20000
说明：
1）keytool是工具名称，-genkey意味着执行的是生成数字证书操作，-v表示将生成证书的详细信息打印出来，显示在dos窗口中；
2）-keystore liufeng.keystore 表示生成的数字证书的文件名为“liufeng.keystore”；
3）-alias liufeng.keystore 表示证书的别名为“liufeng.keystore”，当然可以不和上面的文件名一样；
4）-keyalg RSA 表示生成密钥文件所采用的算法为RSA；
5）-validity 20000 表示该数字证书的有效期为20000天，意味着20000天之后该证书将失效
- 使用jarsigner工具为Android应用程序签名
jarsigner -verbose -keystore liufeng.keystore -signedjar notepad_signed.apk notepad.apk liufeng.keystore
说明：
1）jarsigner是工具名称，-verbose表示将签名过程中的详细信息打印出来，显示在dos窗口中；
2）-keystore liufeng.keystore 表示签名所使用的数字证书所在位置，这里没有写路径，表示在当前目录下；
3）-signedjar notepad_signed.apk notepad.apk 表示给notepad.apk文件签名，签名后的文件名称为notepad_signed.apk；
4）最后面的liufeng.keystore 表示证书的别名，对应于生成数字证书时-alias参数后面的名称
5. 使用zipalign工具优化已签名的apk（非必须但建议这么做）
zipalign -v 4 notepad_signed.apk notepad_signed_aligned.apk
palign -v 4 notepad_signed.apk notepad_signed_aligned.apk