hic idea1

纪伊路上盛名在: 针对问题4的hic idea补充： 问： 问题是call compartment、TAD、loop的假阳性问题，TAD比较突出，我有很多算法，矩阵我也有很多resolution的，以TAD为例，我1个res call出来的就是一个TAD landscape，另外一个res call出来又是另外一个边界分布，我可以全部res数据都接受进行merge domain，也可以只使用某一res，但是没有一个标准？看文献分析的时候很多method中是直接指定了某某res下call某某结构，这样其实很多都不严谨？ 答： 一般resolution越高call出来的TAD肯定越小越多。一般是两三千个TAD的样子。主要看你自己想要什么分辨率的，还有就是实验组和对照组的比较多相对结果。也可以用其他数据来佐证，比如CTCF等boundary insulator等chipSeq峰。 问： 单独call结构一般没有意义，只能在比较中忽略方法论的不严谨吗（横向比较算是消除某种程度上的bias）？ 答： 是的。一般hic先看个大概，3c等技术进行验证