互信息已广泛应用于特征选择问题，但应用在 SNP 选择上还存在着一些局限。
第一，互信息只能衡量一个 SNP 组合与表型的相关性， 无法衡量多个 SNP 与表型的相关性。
第二， 利用互信息排序 SNP 时，隐含着一个假设，即： SNP 间是相互独立的，不存在着依赖关系。然而事实上，SNP 间存在着广泛的交互作用。因此，互信息排序 SNP 会严重低估交互作用 SNP 的重要性。
第三，利用互信息选择 SNP 组合时，任意加入一个新 SNP 都会使互信息值不小于加入前该 SNP 组合的互信息值，限制了不同维度 SNP 组合间的比较。