NVIDIA GPU Operator分析四：DCGM Exporter安装

2022-06-17 23:25:35

背景

我们知道，如果在Kubernetes中支持GPU设备调度，需要做如下的工作：

  • 节点上安装nvidia驱动
  • 节点上安装nvidia-docker
  • 集群部署gpu device plugin，用于为调度到该节点的pod分配GPU设备。

除此之外，如果你需要监控集群GPU资源使用情况，你可能还需要安装DCCM exporter结合Prometheus输出GPU资源监控信息。

要安装和管理这么多的组件，对于运维人员来说压力不小。基于此，NVIDIA开源了一款叫NVIDIA GPU Operator的工具，该工具基于Operator Framework实现，用于自动化管理上面我们提到的这些组件。

NVIDIA GPU Operator有以下的组件构成：

  • 安装nvidia driver的组件
  • 安装nvidia container toolkit的组件
  • 安装nvidia devcie plugin的组件
  • 安装nvidia dcgm exporter组件
  • 安装gpu feature discovery组件

本系列文章不打算一上来就开始讲NVIDIA GPU Operator，而是先把各个组件的安装详细的分析一下，然后手动安装这些组件，最后再来分析NVIDIA GPU Operator就比较简单了。

在本篇文章中，我们将介绍NVIDIA GPU Operator安装NVIDIA DCGM Exporter的原理。

DCGM Exporter简介

DCGM Exporter是一个用golang编写的收集节点上GPU信息（比如GPU卡的利用率、卡温度、显存使用情况等）的工具，结合Prometheus和Grafana可以提供丰富的仪表大盘。

从1.13开始，kubelet通过/var/lib/kubelet/pod-resources下的Unix套接字来提供pod资源查询服务，dcgm-exporter可以访问/var/lib/kubelet/pod-resources/下的套接字服务查询为每个pod分配的GPU设备，然后将GPU的pod信息附加到收集的度量中。

DCGM Exporter服务在每个节点上都存在一个，当Prometheus使用拉数据这种模式时，每隔一段时间（用户可设置时间间隔）就访问该节点GCGM Exporter的服务获取该节点GPU相关指标，然后存入的Prometheus的数据库中，grafana每隔一段时间（用户可设置时间间隔）从Prometheus数据库中拿取该节点GPU指标，然后在浏览器中通过各种仪表盘展示出来。

k8s集群节点安装DCGM Exporter

接下来演示一下如何在集群中安装DCGM Exporter。

前提条件

在执行安装操作前，你需要确认以下的条件是否满足：

  • k8s集群的版本 > 1.8。
  • 集群中的GPU节点已经安装了GPU驱动，如果没有安装驱动，请参考本系列文章《NVIDIA GPU Operator分析一：NVIDIA驱动安装》。
  • 集群中的GPU节点已经安装NVIDIA Container Toolkit，如果没有安装，请参考本系列文章《NVIDIA GPU Operator分析二：NVIDIA Container Toolkit安装》。
  • 集群中的GPU节点已经安装NVIDIA Device Plugin，如果没有安装，请参考本系列文章《NVIDIA GPU Operator分析三：NVIDIA Device Plugin安装》。
  • 集群已经安装Prometheus和Grafana，如果没有安装，请参考GPU Telemetry。

安装DCGM Exporter

1.下载gpu-operator源码。

$ git clone -b 1.6.2 https://github.com/NVIDIA/gpu-operator.git
$ cd gpu-operator
$ export GPU_OPERATOR=$(pwd) 

2.确认节点已经打了标签nvidia.com/gpu.present=true。

$ kubectl get nodes -L nvidia.com/gpu.present
NAME                       STATUS   ROLES    AGE   VERSION            GPU.PRESENT
cn-beijing.192.168.8.44    Ready    <none>   13d   v1.16.9-aliyun.1   true
cn-beijing.192.168.8.45    Ready    <none>   13d   v1.16.9-aliyun.1   true
cn-beijing.192.168.8.46    Ready    <none>   13d   v1.16.9-aliyun.1   true
cn-beijing.192.168.9.159   Ready    master   13d   v1.16.9-aliyun.1
cn-beijing.192.168.9.160   Ready    master   13d   v1.16.9-aliyun.1
cn-beijing.192.168.9.161   Ready    master   13d   v1.16.9-aliyun.1

3.修改assets/state-monitoring/0300_rolebinding.yaml，注释两个字段，否则无法提交：

  • 将userNames这一行和其后面的一行注释。
#userNames:
#- system:serviceaccount:gpu-operator:nvidia-device-plugin
  • 将roleRef.namespace这一行注释。
roleRef:
  apiGroup: rbac.authorization.k8s.io
  kind: Role
  name: nvidia-device-plugin
# namespace: gpu-operator-resources

4.修改assets/state-monitoring/0900_daemonset.yaml，补充镜像名称。

  • 修改initContainers中toolkit-validation的镜像名称为nvcr.io/nvidia/k8s/cuda-sample:vectoradd-cuda10.2
      initContainers:
      - name: toolkit-validation
        image: "nvcr.io/nvidia/k8s/cuda-sample:vectoradd-cuda10.2"
        command: ['sh', '-c']
  • 修改containers中nvidia-dcgm-exporter的镜像名称为nvcr.io/nvidia/k8s/dcgm-exporter:2.1.4-2.2.0-ubuntu20.04
      containers:
      - image: "nvcr.io/nvidia/k8s/dcgm-exporter:2.1.4-2.2.0-ubuntu20.04"
        name: nvidia-dcgm-exporter

5.部署DCGM Exporter。

$ cd assets/state-monitoring
$ rm -rf  *openshift*
$ kubectl apply -f ./

6.查看pod是否处于Running。

$ kubectl get po -n gpu-operator-resources -l app=nvidia-dcgm-exporter
NAME                         READY   STATUS    RESTARTS   AGE
nvidia-dcgm-exporter-ff6zp   1/1     Running   0          3m31s
nvidia-dcgm-exporter-tk7xk   1/1     Running   0          3m31s
nvidia-dcgm-exporter-zdfg6   1/1     Running   0          3m31s

7.获取nvidia-dcgm-exporter服务监听的端口。

$ kubectl get svc -n gpu-operator-resources nvidia-dcgm-exporter -o yaml
apiVersion: v1
kind: Service
metadata:
  annotations:
    kubectl.kubernetes.io/last-applied-configuration: |
      {"apiVersion":"v1","kind":"Service","metadata":{"annotations":{"prometheus.io/scrape":"true"},"labels":{"app":"nvidia-dcgm-exporter"},"name":"nvidia-dcgm-exporter","namespace":"gpu-operator-resources"},"spec":{"ports":[{"name":"gpu-metrics","port":9400,"protocol":"TCP","targetPort":9400}],"selector":{"app":"nvidia-dcgm-exporter"}}}
    prometheus.io/scrape: "true"
  creationTimestamp: "2021-03-26T09:39:01Z"
  labels:
    app: nvidia-dcgm-exporter
  name: nvidia-dcgm-exporter
  namespace: gpu-operator-resources
  resourceVersion: "5634508"
  selfLink: /api/v1/namespaces/gpu-operator-resources/services/nvidia-dcgm-exporter
  uid: 55b81b2a-32a6-4a97-b75a-ad318a9443fd
spec:
  clusterIP: 10.51.129.82
  ports:
  - name: gpu-metrics
    port: 9400
    protocol: TCP
    targetPort: 9400
  selector:
    app: nvidia-dcgm-exporter
  sessionAffinity: None
  type: ClusterIP
status:
  loadBalancer: {}

可以看到，服务监听的端口为9400，端口名称为gpu-metrics。

配置ServiceMonitor

1.部署ServiceMonitor（需要创建一个文件servicemonitor.yaml），用于Prometheus找到节点上dcgm-exporter服务监听的端口，然后访问dcgm-exporter。

$ cat servicemonitor.yaml
apiVersion: monitoring.coreos.com/v1
kind: ServiceMonitor
metadata:
  name: nvidia-dcgm-exporter
  labels:
    app: nvidia-dcgm-exporter
  namespace: gpu-operator-resources
spec:
  selector:
    matchLabels:
      app: nvidia-dcgm-exporter
  namespaceSelector:
    matchNames:
      - gpu-operator-resources
    # any: true
  endpoints:
  - port: gpu-metrics # 此处填写步骤7获得的端口名称，即gpu-metrics
    interval: "30s" # 表示prometheus多长时间访问一次dcgm-exporter获取gpu指标。
    path: /metrics

2.使用kubectl部署：

$ kubectl apply -f servicemonitor.yaml

在grafana中安装dashboard

1.从https://grafana.com/grafana/dashboards/12239下载dashboard，点击界面右面的“Download JSON”进行下载，文件名称为nvidia-dcgm-exporter-dashboard_rev1.json。

2.点击“+” -> Import导入nvidia-dcgm-exporter-dashboard_rev1.json。

NVIDIA GPU Operator分析四：DCGM Exporter安装

导入时需要选择数据源（来自哪个集群）。

NVIDIA GPU Operator分析四：DCGM Exporter安装

3.导入后效果如图。

NVIDIA GPU Operator分析四：DCGM Exporter安装

验证

当监控大盘安装完成后，可以通过提交一个任务查看监控是否有效。

1.部署一个tensorflow任务。

cat /tmp/gpu-test.yaml

apiVersion: v1
kind: Pod
metadata:
  name: test-gpu
  labels:
    test-gpu: "true"
spec:
  containers:
  - name: training
    image: registry.cn-beijing.aliyuncs.com/ai-samples/tensorflow:1.5.0-devel-gpu
    command:
    - python
    - tensorflow-sample-code/tfjob/docker/mnist/main.py
    - --max_steps=10000
    - --data_dir=tensorflow-sample-code/data
    resources:
      limits:
        nvidia.com/gpu: 1
    workingDir: /root
  restartPolicy: Never

使用kubectl命令部署。

$ kubectl apply -f /tmp/gpu-test.yaml

2.查看dashboard数据是否变化（注意需要开启自动刷新界面功能，点击右上角off，选择一个刷新频率，比如15s）。

NVIDIA GPU Operator分析四：DCGM Exporter安装

可以看到有一个GPU的利用率发生了变化。

与Arena Exporter对比

目前，NVIDIA GPU Operator提供的监控仪表盘可参考的指标还是比较简单的，比如：节点GPU使用率、节点GPU温度、每张GPU卡已使用的显存等。仪表盘还存在着如下的一些缺点：

  • 无法从应用的角度观察GPU的使用情况，比如：某个Pod使用了多少GPU显存、GPU使用率是多少，或者更高级的功能是某个训练任务使用了多少GPU显存、GPU使用率是多少。
  • 无法查看集群的GPU的整体使用情况，比如：集群总的GPU数、已使用GPU数、集群已使用的GPU显存等。
  • 在当前的监控大盘中，GPU是用GPU Index表示的，所以你可以看到，示例集群中有三个节点，每个节点有一张GPU卡，但是在监控大盘中每块GPU的标识都是GPU0，无法区分哪张卡是属于哪个节点。

阿里云容器服务团队基于Arena实现的Arena Exporter结合Prometheus以及Grafana能够从更多的维度展示集群的GPU资源使用情况（详见：云原生AI监控）：

  • 集群仪表盘概览

NVIDIA GPU Operator分析四：DCGM Exporter安装

  • 节点仪表盘概览

NVIDIA GPU Operator分析四：DCGM Exporter安装

  • 训练任务仪表盘概览

NVIDIA GPU Operator分析四：DCGM Exporter安装

总结

本篇文章首先简单介绍了DCGM Exporter，然后演示了如何部署dcgm exporter以及结合prometheus和grafana将监控指标通过仪表盘展示出来，最后简单的对比了DCGM Exporter与Arena Exporter。

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