最近刚开始学习amber软件,看网上的教程勉强知道怎么操作这个amber了。就暂时跑了个分子动力学,其他的啥也没处理。先把我的操作过程记录下来吧,免得日后忘记。
一、构建kcl.pdb结构
利用GaussView构建结构,其实很简单,就分别选择K和Cl,然后在窗口点两下,保存成kcl.pdb。
二、利用xleap获得sander的输入.top拓扑文件和.crd坐标文件
①打开xleap,在命令行输入xleap
②导入spce水的leaprc文件,这个文件包含一些基本的离子的参数,我这里使用的是spce水。amber还自带有其他的水模型文件,在$AMBERHOME/dat/leap/cmd下面。
source leaprc.water.spce
kcl = loadpdb kcl.pdb
edit kcl
③修改kcl的原子类型和电荷
鼠标选择两个原子,然后Edit-Edit selected atoms,修改原子类型为K+、Cl-,这是因为第②导入的力场里面K、Cl的原子类型就是K+和Cl-。修改完之后保存
④设置盒子以及溶剂化
set kcl box { 30 30 30 }
solvatebox kcl TIP3PBOX 0
⑤保存amber拓扑和坐标文件
saveamberparm kcl kcl-water-box.top kcl-water-box.crd
savepdb kcl kcl-water-box.pdb
三、跑能量最小化
最小化文件enmin.in如下,参数控制在&cntrl ... /里面,注释符号是啥我暂时还没搞清楚
Minimize &cntrl imin=1, ntx=1, irest=0, maxcyc=2000, ncyc=1000, ntpr=100, ntwx=0, cut=8.0, / 运行的指令,我写了个脚本,提交到课题组的服务器集群上面计并行算。MPIRUN和EXEC是相应的目录 MPIRUN=/opt/intel/impi/5.0.2.044/intel64/bin/mpirun EXEC=/home/lkq/mysoft/amber18/bin/sander.MPI TOP=kcl-water-box.top ${MPIRUN} -np ${nprocs} ${EXEC} -O -i enmin.in -p ${TOP} -c kcl-water-box.crd -o kcl-min.out -r kcl-min.rst