非度量多维标度（Non-metric Multidimensional Scaling，NMDS）是一种将多维空间的研究对象（样本或变量）简化到低维空间进行定位、分析和归类，同时又保留对象间原始关系的数据分析方法。

    与PCoA相似，NMDS都使用样本相似性距离矩阵进行降维排序分析，但NMDS侧重反映距离矩阵中数值的排序关系，NMDS图形常用作微生物群落研究的β分析。

    来看看R的vegan包和ggplot2包是如何绘制NMDS图的。

使用数据文件如下：

①otu_table.txt

②group.txt

 

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调用vegan包metaMDS()函数执行NMDS，读取数据；

library(vegan)##第 1 种模式，输入距离矩阵排序