使用3D Slicer对图像进行配准

在进行深度学习之前,我们需要图像进行一些预处理操作,其中配准是很重要的一环,以下将介绍使用软件3D Slicer来进行图像配准

3D Slicer是(1)一个软件平台,用以图像分析(包括配准和实时编辑),图像可视化以及图像引导治疗;(2)是一个免费、开源软件,并适用于Linux、MacOSX和windows操作系统;(3)拥有强大的可扩展性,可以通过模块嵌入方式来增加新的功能和应用。3D slicer的主要特征有:(1)适用于从头到脚的各个组织器官;(2)兼容MRI、CT、US(超声)、核医学以及显微镜下的影像;(3)拥有双向可交互性

准备

1. 3D Slicer下载

下载链接

安装过程不予累述,注意如果有独显的话,打开该软件的时候,右击鼠标,选择用图形处理器运行,不然会使用CPU运行,会比较卡

安装及加载文件教程

2. 获取两组dicom文件

3. 获取module -- Elastix

点击view,选择Extension Manager。搜索Elastix,安装SlicerElastix

配准

  1. 将两组需要配准的dicom文件拉入软甲所在位置,根据提示框将两组文件都进行加载

  2. 点击搜索框,选择Elastix

    使用3D Slicer对图像进行配准

  3. 在Inputs框,依次选择配准的文件,其中Fixed volume表示配准的基准,Moving volums表示待配准的文件

    使用3D Slicer对图像进行配准

  4. 选择配准之后输出的名字

    使用3D Slicer对图像进行配准

  5. 点击Apply等待即可

结果

  1. 点击data,可看见左侧中间部分显示原文件和配准结果文件,点击即可查看

    使用3D Slicer对图像进行配准

  2. 保存文件,点击save即可保存,同时可以保存多种格式

    使用3D Slicer对图像进行配准

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