来源：http://www.cnblogs.com/guozp/p/6099902.html

1、System.out在JVM和操作系统都具有缓存功能，输出的东西不一定实时输出，可能积累几个字符才会一块输出

2、System.err 不带缓存(默认，可修改)，会实时输出，打印的东西可以立马显示在屏幕。
3、如果使用了log4j的日志记录，System.err会被记入日志，System.out不会。
4、JDK的解释是System.out是通常输出信息的方式，System.err是用在显示错误信息或者system.out被重定向以后，需要立即让用户注意到的信息的输出。

注意：单用其中一种都不会出问题，但是如果混用的话(System.err和System.out)，就会输出顺序可能不是自己想要的。千万不要小看这个输出顺序问题，当你测试线程的输出顺序或者其他依赖顺序来判断执行过程的时候，这个时候就如果输出乱序的话，可能就会让你放弃某个方案。

如果测试依赖顺序时一定要注意！

附上简单的用例：

public class Test {

    public static void main(String[] args) {

        System.out.println("start...");

        System.err.println("middle...");

        System.out.println("end...");

    }

}

理想输出：

start...
       middle...
       end...

多次测试会出现以下输出：

middle...

start...
       end...