前言

前面我们介绍了Circos的使用，还没来得及看的可以移步查看“Circos:我其实真的没那么难画!”这篇文章刊出后，受到了广泛的讨论，认为其基于perl编写、难以使用的不下少数，也有牛人基于python做了简单的实现，不过编者看来可以归结为“会者不难，难者不会”。曾记得，2010年刚刚进入科室进行本科毕设的小编啥也不懂，只带着些Java、C、C++的残存记忆，看到生信数据后，尝试再尝试，于是放弃了较为熟悉的Java，转为使用perl进行脚本编辑，那时候哪有什么python，可如今她确实倍受喜爱，但这种喜爱绝不是长久的，因为大家对她的喜爱几乎完全出于其简单，换句话讲如果有更简单、更方便的，她便失了宠。当然，讲求时效的今天，我们还是提倡在最短的时间内做最高效的事情（“不管白猫黑猫，抓住老鼠才是好猫”）。

      言归正传，我们今日接着解决上期的遗留问题：使用Circos很简单，那么怎么来安装她呢？

      Circos：“其实安装和配置我到电脑中比写配置表更简单！！！”

只需三步轻松完成Circos安装

1 第一步：下载perl和Circos安装包 

这里选择的是ActiveState Perl for Windows，因为其配备了可视化的perl模块管理器ppm，极大的方便了初学者管理和安装perl关联模块，完全点击式鼠标操作。

http://www.perl.org/get.html

http://circos.ca/software/download/circos/

1 第二步：安装perl及完成bioperl模块的安装 

双击下载好的“ActivePerl-5.26.0.2600-MSWin32-x64-403866.exe”可执行文件，按照向导完成安装。

perl核心程序安装好后，打开命令提示符工具（cmd），在命令行中输入perl -v（回车）测试perl是否安装成功，如输出如下的perl版本信息，则表明已安装成功。

△ perl核心程序安装成功

接下来，在命令行中输入ppm（回车），则可打开perl模块管理器，如下图所示：

△ ppm函数调出的perl模块管理器界面

在管理器界面中输入bioperl搜索需要安装的模块，列表中灰色图标显示的为未安装模块，黄色图标显示的为已安装模块。选中需要安装的模块后，点击搜索框后方的“＋”按钮（鼠标移上去会显示mark for install），然后再点击其后的绿色箭头（鼠标移上去会显示run markedactions）即可完成安装。

1 第三步：安装调试Circos 

将下载的Circos（circos-0.69-6.tgz）解压缩到自定义目录下：

△ Circos压缩包解压后的文件目录

在命令行提示符窗口中输入以下命令（回车后，测试circos是否可以运行）：

perl C:\Users\Administrator\Downloads\circos-0.69-6\bin\circos

△ Circos运行警告，缺少依赖的模块

出现上图所示警告提示，表明目前还缺少一些依赖的模块，我们只需按照提示去安装需要的模块即可完成调试，安装方法与bioperl模块安装类似。

△ perl模块安装步骤

等待所需的模块都安装结束后，再次运行circos测试其是否可以运行

perl C:\Users\Administrator\Downloads\circos-0.69-6\bin\circos

如果运行后不再提示依赖模块未安装的提示时，则表示安装完成，此时可以输入以下命令查看circos在运行时所需配置的参数及其说明。

perl C:\Users\Administrator\Downloads\circos-0.69-6\bin\circos --help

△ Circos调试通过并成功调出帮助信息

       好了，到此我们已经顺利完成circos的安装，相信用不了几分钟各位看官便能亲测完成，那么接下来的难点便是熟悉circos绘图时conf配置文件的编写规则了，有需要的朋友可以参考前期的内容，也可以参考circos官方提供的例子。

内容讲解完毕，有心者可以请小编喝个茶，同时也欢迎大家介绍更多的朋友关注我们的公众号，如想了解更多，请留言咨询。

【注】：文章封面图截取自Circos官网首页